Поиск семейств гомологов с помощью PSI-BLAST

Для работы была выбрана последовательнсть с идентификатором Q8QLF5 в базе данных UniProt. Саму аминокислотную последовательность можно посмотреть здесь.

Поиск семейства гомологов данного белка проводился по безе даных RefSeq при помощи алгортма PSI-Blast. Результаты каждой итерации алгоритма занесены в таблицу 1.

Как видно из таблицы 1, семейство гомологов обнаружилось после 3-4 итераций. Дело в том, что после первой итерации у исходного белка и гомологов обнаружился консервативный домен, который присутствовал не у всех найденных белков. Поэтому эти белки были исключены из списка. Во второй итерации из списка также были исключены белки, относящиеся к бактериальным организмам, так как все остальные найденные белки присутствуют исключительно у представителей семейства Alphabaculovirus. В последующих итерациях найденное семейство гомологов не вызвало сомнений в достоверности.

Полученное в результате семейство гомологов было выравнено при помощи сервиса на сайте NCBI. Выравнивание в формате Fasta можно увидеть по здесь, в формате Jar - здесь.

В выравнивании 24 функционально консервативные позиции (15.4%) и 7 абсолютно консервативных (4.5%).

На рис.1. представлен фрагмент множественного выравнивания, соответствующий найденному консервативному домену.

Рис.1. Фрагмент множественного выравнивания

Этот фрагмент имеет длину 20 аминокислотных остатков, в нем 5 абсолютно консервативных позиций (25%) и 12 функционально консервативных (60%). Можно предположить, что данный фрагмент соответствует функциональному центру в белках данного семейства гомологов.