Картирование на референсный геном

Для выполнения задания были скачаны последовательности геномов хлоропласта и митохондрии резуховидки Arabidopsis thaliana. Очищенные чтения из предыдущего задания были картированы на геномы с помощью программы BWA. Для запуска программы сначала требуется провести индексацию последовательности. Для этого использовалась команда:

                    bwa index 1.fasta
                

Далее была исполдьзована команда, запускающая алгоритм BWA-MEM:

                    bwa mem 1.fasta out8.fastq > new.sam
                

Был получен файл с выравниваниями в формате .sam, с которым может далее работать программа samtools:

                    samtools view -b -S -h new.sam > new.bam 

                    samtools sort new.bam sort.bam 

                    samtools index sort.bam.bam  

                    samtools idxstats sort.bam.bam

В результате были получены следующие данные:

                    ENA|AP000423|AP000423.1	154478	403067	0
                    ENA|Y08501|Y08501.2		366924	43432	0
                    *	0	0	1887859
                

Это знаечит, что на хлоропласт (ENA|AP000423|AP000423.1) откартировалось 403067 прочтения, а на митохондрию (ENA|Y08501|Y08501.2) откартировалось всего 43432, что может может быть следствием того, что для сиквенирования использовались зеленые части растения, в больше хлоропластов, чем митохондрий.

Затем использовалась команда

                    samtools depth sort.bam.bam > cover.txt
                

Был получен файл, содержащий данные по покрытию каждого нуклеотида. Среднее покрытие вычислялось в Excel и составило для хлоропласта 258,1095755, для митохондрии 11,60791608.