Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

Для выполнения задания были использованы чтения, картированные на геномы хлоропласта и митохондрии, из предыдущего задания. Для того, чтобы программа bcftools смогла их обработать, надо создать файл в формате .bcf. Команда для этого:

Затем были подсчитаны количества полиморфизмов и инделей:

С помощью команд grep и wc было посчитано, что инделей нашлось 303, а полиморфизмов 619. Файл в формате .vcf можено скачать здесь.

Сборка хлоропласта и митохондрии

Сборку контигов можно осуществить с помощью алгоритма пакета velvet. Сначала нужно создать банк k-меров программой velveth, а потом произвести сборку программой velvetg. После нескольких проб была выбрана длина k-мера в 23 нуклеотида.

N50 составило 133 нуклеотидова, то есть 50% длины гипотетической последовательности покрываются контигами длины 133 и более.

Информация о десяти самых длинных контигах приведена в таблице 1. Принадлежность к митохондирии/хлоропласту определялась результатами локального blast.