Работа с STRING

Для работы использовался ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок (ABC transporter periplasmic binding protein, amino acid) бактерии Neisseria gonorrhoeae, упоминавшийся ранее. На рис.1. показан граф взаимодействий для данного белка на первом уровне близости. На рис.2. приведена легенда данного графа.

Рис.1. Граф взаимодействий для ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка на первом уровне близости

Рис.2. Легенда к рис.1.

Согласно графу, в первый уровень близостидля данного белка входят белки: NGO2013 ABC-транспортерный АТФ-связывающий белок (ABC transporter ATP-binding protein, amino acid); NGO2012 ABC-транспортерный АТФ-связывающий белок (ABC transporter permease, amino acid); NGO2011 ABC-транспортерная пермиаза (ABC transporter permease, amino acid); NGO0269 ABC-транспортерная пермиаза (ABC transporter ATP-binding protein, amino acid); NGO0374 ABC-транспортерный АТФ-связывающий белок (ABC transporter ATP-binding protein, amino acid). Согласно базе данных KEGG, белки NGO2013, NGO0269 и NGO0374 обладают гидролазной активностью и осуществляют трансмембранный транспорт заряженных аминокислот.

Согласно базе данных NCBI BioSystems белки NGO2011, NGO2012, NGO2013, NGO2014 (данный), NGO0269 могут входить (в различных сочетаниях) в состав комплекса - системы транспорта полярных аминокислот.

На рис.3. приведено дерево организмов (с точностью до филума) с изображением геномного окружения данного белка. Полное дерево приведено по ссылке

Рис.3. Изображение дерева с изображением геномного окружения ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка (красный цвет). Гены белков NGO2011, NGO2012, NGO2013, NGO0269, NGO0374 обозначены голубым, зеленым, желтым, синим, фиолетовым цветами соответственно.

Как видно из развернутого дерева, потенциальные опероны с этими белками полностью отсутствуют у эукариот. У архей у нескольких подтаксонов есть возможный оперон из данного белка и NGO2011, NGO0269, NGO0374. У бактерий у части подтаксонов (например, Bacteroidetes) нет потенциальных оперонов), но у большинства бактерий есть.

У данного белка встречаются сшивки с NGO2011 или NGO2012. Комплекс, вкоторый входят эти белки включает в себя либо NGO2011, либо NGO2012. Сшивка, видимо, упрощает сборку комплекса.

На рис.4. приведен график совместной встречаемости белков. Чем темнее квадрат в колонке, тем консервативней последовательность гомолога данного белка. Отсутствие квадрата означает отсутствие гомолога. Таким образом, наблюдается паттерн совместной встречаемости данного белка с NGO2011 и NGO2012. Белки NGO2013, NGO0269 и NGO0374 встречаются с той или иной достоверностью у всех родов организмов. Поскольку комплекс системы транспорта полярных аминокислот может состоять из различных комбинаций входящих в него белков, логично предположить, что у организмов, не имеющих гомологов данного белка и гомологов NGO2011 и NGO2012, их заменяют прочие белки, входящие в комплекс.

Рис.4. График совместной встречаемости белков