Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Для выполнения данного практикума была взята структура кальциевой АТФазы (PDB ID 1su4). Был произведён поиск доменов в составе данного белка, согласно различным базам данных. Ниже приведены результаты.

Домены, найденные Pfam:

• Cation transporter/ATPase, N-terminus — N-конец катионного переносчика АТФаз
• 1-E2 ATPase — домен протонной АТФазы
• Cation transport ATPase (P-type) — неохарактеризованный домен, который встречается в АТФазах переноса катиона
• Cation transporting ATPase, C-terminus — C-конец катионного переносчика АТФаз

Домены, найденные CATH:

• Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
• Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
• Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

Домены, найденные SCOP:

• Calcium ATPase, transduction domain A
• Calcium ATPase, catalytic domain P
• Calcium ATPase
• Calcium ATPase, transmembrane domain M

Домены, найденные ECOD:

• Cation_ATPase_mem
• E1-E2_ATPase_N
• EUF05635
• Hydrolase_like2

Сравнивая выдачи различных баз данных, можно сказать, что, в целом, на данном белке они нашли сходные домены: два мембранных, по всей видимости, домена на C- и N- концах, нужных для транспорта катиона (в данном случае — Ca2+), каталитический домен АТФ-азы и домен, который присутсвует в катион-транспортных АТФазах, но пока его функция, по-видимому, не охарактеризована.