Изучение файла структурных факторов

Был скачен файл со структурными факторами для ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка (pdb id 2yjp) из базы данных PDB. Файл был переведен в формат .xls и и проанализирован.

Исходный файл в формате .cif доступен по ссылке, обработанная таблица в формате .xls доступна по ссылке.

Всего в файле представлено 39914 структурных факторов. Из них только 37917 использовалось для оптимизации структуры (поле status = o; подсчет количества осуществлен в колонке "о" в .xls-файле). 33428 структурных факторов имеют силу сигнала больше или равную 3 (среднее значение сигнала в 3 или больше раз превышает средне квадратичное нескольких его измерений, поле signal strength в xls-таблице показывает силу сигнала; подсчет осуществлен в поле "ss" в .xls-файле.), что составляет 83,75% от всех измеренных структурных факторов.

Тройка h,k,l пропущена, если ее нет среди измеренных структурных факторов, но есть измеренный структурный фактор (h', k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l. Примерами пропущенных троек h,k,l могут служить тройки 0,1,1; 0,1,2; 0,2,4; 25,2,0; 25,2,1; 25,2,2; 25,2,5;.

© Маслова Валентина, 2014
Последнее изменение: 24.09.2014