Визуализация молекул в JMol
Скрипт# | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N—H—O (°) |
---|---|---|---|
Альфа-спирали | |||
1 | N(85SER)—O(81GLU) | 2.96 | 159.6 |
2 | N(82GLY)—O(78LYS) | 3.05 | 156.1 |
3 | N(81GLU)—O(77GLY) | 3.08 | 155.8 |
Бета-тяжи | |||
1 | N(94TYR)—O(105VAL) | 2.94 | 156.8 |
2 | N(92PHE)—O(107VAL) | 2.9 | 158.6 |
3 | N(90THR)—O(109MET) | 2.95 | 162.4 |
Среднее значение длин отличается от идеального (3.5 Å) на 0.52 Å и составляет 2.98 Å. Для углов среднее значение равно 158.2°, оно отличается от идеальных 180° на 21.8°, при этом все полученные значения углов лежат в типичном для водородных связей диапазоне (110°-180°) [2].
Литература:
- Aravinda, S., Datta, S., Shamala, N., and Balaram, P. (2004). Hydrogen-Bond Lengths in Polypeptide Helices: No Evidence for Short Hydrogen Bonds. Angewandte Chemie International Edition, 43(48), 6728–6731.
- E. Arunan, G.R. Desiraju, R.A. Klein, J. Sadley, S. Scheiner, I. Alkorta, D.C. Clary, R.H. Grabtree, J.J. Dannenberg, P. Hobza, H.G. Kjaergaard, A.C. Legon, B. Mennucci, D.J. Nesbitt (2011) Pure Appl. Chem. , 83, 1619.