Визуализация молекул в JMol

Скрипт

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре.
#Имена атомовДлина связи (Å)Угол N—H—O (°)
Альфа-спирали
1 N(85SER)—O(81GLU) 2.96 159.6
2 N(82GLY)—O(78LYS) 3.05 156.1
3 N(81GLU)—O(77GLY) 3.08 155.8
Бета-тяжи
1 N(94TYR)—O(105VAL) 2.94 156.8
2 N(92PHE)—O(107VAL) 2.9 158.6
3 N(90THR)—O(109MET) 2.95 162.4

Среднее значение длин отличается от идеального (3.5 Å) на 0.52 Å и составляет 2.98 Å. Для углов среднее значение равно 158.2°, оно отличается от идеальных 180° на 21.8°, при этом все полученные значения углов лежат в типичном для водородных связей диапазоне (110°-180°) [2].

Литература:

  1. Aravinda, S., Datta, S., Shamala, N., and Balaram, P. (2004). Hydrogen-Bond Lengths in Polypeptide Helices: No Evidence for Short Hydrogen Bonds. Angewandte Chemie International Edition, 43(48), 6728–6731.
  2. E. Arunan, G.R. Desiraju, R.A. Klein, J. Sadley, S. Scheiner, I. Alkorta, D.C. Clary, R.H. Grabtree, J.J. Dannenberg, P. Hobza, H.G. Kjaergaard, A.C. Legon, B. Mennucci, D.J. Nesbitt (2011) Pure Appl. Chem. , 83, 1619.