ВЫРАВНИВАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Таблицу с информацией о мутациях в белке ABB30628.1 можно найти здесь.

Краткое summary

Работа выполнялась в консоли bash с EMBOSS. Трансляция нуклеотидных последовательностей с мутациями в аминокислотные последовательности производилась с помощью команды "transeq -sequence mutatedCDS-X.fasta -trim -outseq translated-X.fasta". Для получения выравниваний использовалась команда "needle -aform msf -asequence ABB30628.1.fasta -bsequence translated-X.fasta -outfile alignment-X.fasta". Для мутаций 8 и 9 было также выставлено "-gapo 0.0", чтобы выровнять начала последовательностей.
Визуализация была проведена с помощью JalView.
Нонсенсы были получены в случае сдвига рамки считывания - делеции или инсерции количества нуклеотидов, не кратного трём, а также в случае образования стоп-кодона до конца последовательности. Помимо нонсенсов наблюдались миссенсы и синонимические мутации.