Глобальные и локальные (needle/water) выравнивания гомологичных и негомологичных белков

Результаты выравниваний можно посмотреть здесь. Для гомологичных белков не увидела разницы в покрытии между needle и water, возможно, потому что старалась найти наиболее похожие..

Сравнение выравниваний гомологичных белков несколькими программами

Для построения множественного выравнивания были выбраны белки Alpha-actinin-4 из организмов Homo Sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Gallus gallus. Выравнивание было выполнено в JalView (Web Service -> Alignment -> Muscle with Defaults). Для парного оставила наиболее непохожие: _MOUSE и _CHICK. Выравнивания в needle и water оказались идентичными, а вот от множественного отличаются. Это можно увидеть на Рисунке 1.