Изучение руководств команд bash

Команда tr

Назначение: замена и/или удаление символов (STDIN, STDOUT).
Полезность: редактирование файлов (с помощью конвейера) через командную строку.
Опции:

• -d <символ>: удаление всех <символов>, встречающихся в строке/файле.
• -s <символ>: замещение последовательности повторяющихся <символов> на один <символ>.

Команда cut

Назначение: вывод выбранных частей строк файлов в STDOUT.
Полезность: затрудняюсь оценить. Наверное, для PDB-файлов может быть актуально. Например, если нужно посмотреть, какие аминокислоты есть в белке из этого файла...
Опции:

• -c <диапазон>: выводит только символы, номера которых попали в <диапазон>.
• -f <диапазон>: выводит только символы, принадлежащие указанным в <диапазон> полям (по умолчанию поле отделяется Tab'ом), а также любые строки без разделителей.