Протеомы

                                        Идентификаторы             Количество                Количество
                                           протеомов           последовательностей           аминокислот
Geobacter metallireducens GS-15           UP000007073                 541                      175041              
Escherichia coli K12                      UP000000625                 4352                     1353365
Таблица 1. Сравнение протеомов рассматриваемых организмов.
Аминокислотный остаток Geobacter metallireducens GS-15 (%) Escherichia coli K12 (%) Разность (%)
A 9.87 9.51 0.36
L 9.72 10.68 0.96
G 8.5 7.37 1.13
V 8.06 7.07 0.99
E 7.06 5.76 1.3
R 6.76 5.52 1.24
I 6.19 6.01 0.18
D 5.4 5.15 0.25
T 5.29 5.39 0.1
K 5.14 4.41 0.73
S 5.06 5.8 0.74
P 4.52 4.43 0.09
F 3.79 3.89 0.1
N 2.9 3.94 1.04
Q 2.67 4.44 1.77
Y 2.58 2.84 0.26
M 2.58 2.83 0.25
H 1.95 2.27 0.32
C 1.17 1.16 0.01
W 0.8 1.53 0.73

Основные различия протеомов:

1. В первые и последние тройки у обеих бактерий входят одни и те же остатки, но порядок отличается: A,L,G/L,A,G и H,C,W/H,W,C.
2. Самая большая разница в пользу E.coli наблюдается по глутамину (1.77%), а в пользу G.metallireducens - по аргинину (1.24%).

Комментарии

В Таблице 1 представлены результаты подсчета долей аминокислот в последовательностях из протеомов двух исследуемых бактерий, а также разность результатов по каждой аминокислоте.
Команда Bash для вставки таблицы в код html-страницы:
python3.6 pr7.py GeoMet.fasta Ecoli.fasta >> ~/public_html/term2/pr7.html
Python-скрипт для создания таблицы