Gene Ontology

Часть 1 - GO Enrichment Analysis

1. list31.txt: 22 ID;
2. все 22 ID участвовали в анализе обогащения;
3. в выдаче 69 GO terms. Полагаю, их больше, чем ID, потому что большинство белков, соответствующих генам с этими идентификаторами, участвует в нескольких процессах (~имеет несколько функций).
4. список 10 самых значимых GO terms (указано поправленное p-value):

aminoglycan biosynthetic process (GO:0006023)	             2.15E-42
keratan sulfate biosynthetic process (GO:0018146)	     3.02E-42
keratan sulfate metabolic process (GO:0042339)	             1.88E-41
glycosaminoglycan biosynthetic process (GO:0006024)	     3.83E-40
mucopolysaccharide metabolic process (GO:1903510)	     8.68E-40
aminoglycan metabolic process (GO:0006022)	             1.61E-39
glycosaminoglycan metabolic process (GO:0030203)	     3.90E-37
sulfur compound biosynthetic process (GO:0044272)	     9.93E-36
sulfur compound metabolic process (GO:0006790)	             5.57E-30
carbohydrate derivative biosynthetic process (GO:1901137)    2.92E-28

6. узлы получившегося графа соединены только отношениями "is a". Здесь видно, например, что все 5 загруженных GO terms являются процессами метаболизма макромолекул.
7. все процессы, представленные полученными GO terms, являются метаболическими. Это можно утверждать уже на основе графа для 5 позиций.

Часть 3 – Human Protein Atlas

1. выбрала B3GNT8;
2. ген, находящийся в 19 хромосоме, кодирует beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 8; транскрипт один; белок видели; экспрессия гена повышена в тонком кишечнике;
3. в мозге экспрессия только в гипофизе:

картинка — **Рис. 2.** Экспрессия B3GNT8 в мозге.

4. про локализацию в клетке, к сожалению, ничего :(

5. различается: высокий уровень экспрессии белка наблюдается в кишечнике, а ещё его довольно много в семенных пузырьках; много РНК экспрессируется в пищеводе (что она там забыла??) и гранулоцитах крови:

6. описано выше, но давайте посмотрим на гистограмму: