Мембранные белки
Что и почему
С фантазией у меня плохо, поэтому я решила обратиться к группе белков, с которой сталкивалась при работе в лаборатории, НО для тех конкретных, которые искала я, структуры на PDB не было. Сейчас я, конечно, выбрала такой, у которого есть.
Итак, Glutathione uptake transporter (PepTSo) - белок из семейства Proton-dependent Oligopeptide Tranporter (POT), относящегося к Major Facilitatator Superfamily (MFS).
Он выделен из гаммапротеобактерии Shewanella oneidensis (strain MR-1).
Занимается этот белок импортом олигопептидов (в основном ди- и три-) за счёт симпорта протонов, а также он переносит в клетку некоторые антибиотики, как и другие белки его семейства (именно поэтому ими и интересуются учёные).
Исследование структуры таких транспортеров, разумеется, даст возможность понять механизмы взаимодействия лекарств с ними и поможет обойти резистентность.
Предсказание трансмембранных участков (сервис ТМНММ)
Загрузила .fasta-файл с последовательностью в окошко и получила вот что:
Видно 13 трансмембранных участков, соединенных поочередно то с внутренней, то с внешней стороны относительно мембраны. Довольно длинные внешний и внутренний участки окружают 5-ый трансмембранный.
Если мы посмотрим на схему вторичной структуры на RCSB PDB, то обнаружим очевидные сходства - все 13 альфа-спиралей обозначены, и расстояния похожи.
Как оно выглядит
На картинке ниже можно увидеть в верхней правой части структуры коротенькую горизонтальную спиральку - это, похоже, единственный структурированный нетрансмембранный участок (наружный).
Ну и наконец красивое изображение со страницы белка на RCSB PDB: