PyMOL

Комплекс аденозинового рецептора А1 (A1-AR) с лигандом DU172

 A1-AR - это мембранный рецептор аденозина, сопряженный с G-белком, ингибирующим аденилатциклазу. Участвует в множестве системных регуляторных процессов, осуществляемых с помощью вторичных мессенджеров. К эффектам, обусловленным его работой, относятся изменение АД, торможение синаптической передачи нервного импульса, усиление катаболизма липидов и др.
 Аденозин-связывающий центр данного рецептора находится между трансмембранными α-спиралями (их 7) ближе к внешней стороне мембраны.
 DU172 является селективным необратимым (ковалентно-связывающимся) ортостерическим антагонистом A1-AR.

Картиночка формулы
Рис. 1. Структурная формула лиганда DU172.[2]


Картиночка из паймола
Рис. 2. Моя лучшая попытка: взаимодействия DU172 с аминокислотными остатками аденозин-связывающего центра A1-AR.
Лиганд показан зелёным, белок серым. Н-связи - синие прерывистые линии; π-стекинг - фиолетовая прерывистая линия.

PyMOL-сессия (Можно было бы сделать видео "Мокрый биолог крутит формулу 10 часов" без зацикливания!!!)

Источники:

  1. UniProt, AA1R_HUMAN
  2. Статья по созданию данной структуры
  3. Bhattarai A. G-Protein-Coupled Receptor-Membrane Interactions Depend on the Receptor Activation State. J Comput Chem.