Протеомы
Протеом ID для E.coli K12 - UP000000625, количество белков в нём - 4353, количество аминокислот - 1353454.
Для K.flavida - UP000007967, 6940, 2258648.
Количественные соотношения аминокислот в протеомах содержатся в таблице 1.
Количество белков считал командой grep -c ">" K.flavida.fasta
Таблица 1
А.к. |
% K.flavida |
% E.coli |
Разница |
A |
13,20303119 |
9,506861703 |
3,69616949 |
L |
10,56512569 |
10,67638797 |
-0,111262282 |
G |
9,081937513 |
7,365747192 |
1,716190321 |
V |
8,905327435 |
7,070576466 |
1,834750969 |
R |
7,555183455 |
5,520911682 |
2,034271773 |
T |
6,340430204 |
5,394642153 |
0,945788052 |
D |
6,051894762 |
5,146683966 |
0,905210796 |
P |
5,913759028 |
4,428743053 |
1,485015975 |
E |
5,343152187 |
5,761998561 |
-0,418846374 |
S |
5,256197513 |
5,799458275 |
-0,543260762 |
I |
3,45020561 |
6,011656104 |
-2,561450494 |
Q |
3,206475732 |
4,44278121 |
-1,236305478 |
F |
2,828550531 |
3,894406459 |
-1,065855928 |
Y |
2,164126504 |
2,844795612 |
-0,680669108 |
K |
2,161160128 |
4,407020852 |
-2,245860724 |
H |
2,064332291 |
2,269526707 |
-0,205194416 |
N |
1,987206506 |
3,938220287 |
-1,951013781 |
M |
1,623758992 |
2,825289962 |
-1,20153097 |
W |
1,612956069 |
1,532080145 |
0,080875925 |
C |
0,685188662 |
1,16198999 |
-0,476801329 |
U |
0 |
0,000221655 |
-0,000221655 |
Скачать таблицу
Самые популярные остатки и там, и там - аланин, лейцин и глицин.
У K.flavida самые непопулярные остатки - метионин, триптофан, цистеин, у E.coli - гистидин, триптофан, цистеин.