Описание параметров бласт
Query subrange - диапазон а.о, по которому будет сделано выравнивание Database - база данных, в которой будут искаться последовательности Short queries - уменьшает длину слова, применяется для более аккуратного поиска, когда введенная последовательсть очень короткая Organism - можно указать организмы, по которым будут искаться последовательности для выравнивания Max target sequences - максимальное число последовательностей в выдаче Expected threshold - порог evalue Word size - размер слова при разбивании последовательностей Matrix - матрица подсчета score Gap costs - штраф за гэп Compositional adjustments - борьба с участками малой сложности

О множественном выравнивании гомологичных белков
Таблица со всеми находками
Проект с множественным выравниванием предположительно гомологичных белков.
Фрагмент визуализации множественного выравнивания. Можно сказать, что последовательности гомологичны, так как они имеют большой процент полностью консервативных позиций, которые составляют блоки.

Карта сходства
Из карты сходства следует (последовательность по горизонтали назовем 1, а по вертикали - 2):

• Конец 2 последовательности (примерно с 330 по 448 а.о.) расположен в начале 1 и также, немного разрываясь, в конце 1.
• Небольшой участок из начала 2 последовательности идентичен 190-210 а.о. 1.

Игрища с бласт
Последовательность из 100 а.о. была сгенерирована автоматичнски. Blast выдал только одну последовательность с достаточно большим значением evalue (5,7)
Уменьшение значения wordcount привело к увеличению количества находок с минимальным evalue.