Знакомство с UniProt
Познакомился с UniProt
Получение информации о белке AIMA_KRIFD
Данные получение из базы данных UniProt и представленны в таблице 1.
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| AIMA_KRIFD | D2PPM7 | WP_012919545.1, NC_013729.1 | 5X3I, 5X3J, 5X3K | 723 | 80,101 | 1,3-alpha-isomaltosidase |
Вся последовательность известна, в PDB представлена двумя цепями.
Поиск белка AIMA_KRIFD в UniRef
В UniRef были найдены все белки, похожие на данный. Результаты в таблице 2.
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_D2PPM7 | Cluster: 1,3-alpha-isomaltosidase (100%) | 1 |
| UniRef90 | UniRef90_D2PPM7 | Cluster: 1,3-alpha-isomaltosidase (90%) | 2 |
| UniRef50 | UniRef50_D2PPM7 | Cluster: 1,3-alpha-isomaltosidase (50%) | 63 |
Поиск в UniProt
Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы поиска.
Поиск 1,3-альфа-изомальтозидазы
-
Поиск по рекомендованному названию своего белка
Текст запроса: name:"1 3-alpha-isomaltosidase"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по тому же названию среди белков своего организма
Текст запроса: name:"1 3-alpha-isomaltosidase" taxonomy:"Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) [479435]"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства
Текст запроса: name:"1 3-alpha-isomaltosidase" taxonomy:"Nocardioidaceae [85015]"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отдела
Текст запроса: name:"1 3-alpha-isomaltosidase" taxonomy:"Actinobacteria [201174]"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Поиск гистонов
-
Поиск просто гистонов
Текст запроса: "name:histone"
Количество находок в Swiss-Prot: 2082
Общее количество находок: 152663
-
Поиск гистонов у животных
Текст запроса: "name:histone taxonomy:metazoa"
Количество находок в Swiss-Prot: 1034
Общее количество находок: 72857
-
Поиск гистонов у бурых водорослей
Текст запроса: "name:histone taxonomy:phaeophyceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 0
Общее количество находок: 37
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: "name:trypsin"
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23018
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: "name:trypsin NOT name:inhibitor"
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18270
Всё нашлось.