gunzip E.fastq.gz | Распаковка архива |
---|---|
fastqc filename.fastq | Анализ качества чтений |
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 E.fastq ppd_trimmed.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 | Удаляет адаптеры |
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 ppd_trimmed.fastq ppd_trimmed.fastq SLIDINGWINDOW:5:28 MINLEN:32 | проходит скользящим окном длины 5 по каждому прочтению и убирает части ридов после любого окна со средним качеством ниже 28. Удаляет те прочтения, которые после очистки окажутся короче 32 букв. |
velveth velveth 31 -fastq -short ppd_trimmed.fastq | Подготавливает k-меры длины 31 |
velvetg velveth > velvetg.log | Собирает контиги из подготовленных k-меров |