Страница третьего практикума

Со стандартными параметрами найти последовательность не удалось, поэтому были заданы другипе: штраф за гэп - 4 и Minimum match score - 15.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-1-7-3' 3'-71-66-5'	7	7
D-стебель	5'-10-12-3' 3'-25-23-5'	0	3
T-стебель	5'-49-53-3' 3'-65-61-5'	0	5
Антикодоновый стебель	5'-37-44-3' 3'-33-26-5'	0	5
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	7	20

Скрипт для определения множств атомов

Скрипт для демонстрации структуры

	Полярные	Неполярные	Все
Кислород 2'дезоксирибозы	4	29	33
Остатки фосфорной кислоты	26	31	57
Остатки азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	10	14
Остатки азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	0	1

Видно, что с сахаром и с форсфорной кислотой чаще связываются неполярные атомы, что можно объяснитьт тем, что атомов углерода в белке гораздо больеш, чем атомов азота. При этом немногочисленные полярные атомы гораздо чаще связываются с фосфорной кислотой, так как каждый фосфор связан с тремя полярными атомами кислорода.
Скрипт для поиска атомов

Видно, что чаще всего с ДНК взаимодействуют аргинин и аспарагин. Непосредственно с азотистым основанием чаще всего взаимодействует аспарагин, пэтому он является самым важным для распознавания последовательности.
term3

Здесь изображены взаимодействующие тимин и остаток аспарагина.