Назад
Для работы был взят цитохром-b6f из Chlamydomonas reinhardtii (PDB: 1Q90). Это белковый комплекс, состоящий из множества отдельных пептидных цепей. Этот белок участвует в фотосинтезе у цианобактерий и их потомков (включая хлоропласты растений). Функция его заключается в переносе электрона с фотосистемы II на фотосистему I за счёт окисления пластохинола и восстановления пластоцианина. При этом энергия, полученная элетктроном в фотосистеме II тратится на перекачивание протонов из стромы хлоропласта в люмен.

Для построения TMHMM-профиля была взята последовательность цитохрома-f - одной из субъединиц белкового комплекса. На картинке видно, что белок один раз пересекает мембрану, причём большая его часть находится в люмене, и небольшой кусочек в строме. Домен цитохрома-f, находящийся в люмене, содержит гем f, и функция белка заключается в получении электрона от FeS-центра белка Риске и передаче его на пластоцианин.



Расположение цитохрома-b6f в мембране представлено по данным OPM. Два цитохром-f окрашены в зелёный и голубой цвета.