Назад

С помощью программы бласт был получен список гомологов для белка CLPX_ECOLI. Гомологи искались среди геномов бактерий, выбранных в предыдущем праке. Выдача BLAST:

BLAST



Дерево гомологов было реконструировано с помощью программы MEGA методом максимальной парсимонии. Дерево в формате Newick:

Newick



Три пары ортологов:
tr|A0A347ZXP1|A0A347ZXP1 BACAN и tr|Q5L3T1|Q5L3T1 GEOKA
sp|Q2G2J8|Y1413 STAA8 и tr|A0A1Q4LW06|A0A1Q4LW06 BACAN
sp|Q5L0N1|HSLU GEOKA и sp|Q81WK6|HSLU BACAN

Три пары паралогов:
sp|Q2G2J8|Y1413 STAA8 и sp|Q2FV74|CLPL STAA8
tr|Q5L436|Q5L436 GEOKA и sp|Q5KWJ9|CLPX GEOKA
tr|Q8Y8B1|Q8Y8B1 LISMO и tr|Q8YAC6|Q8YAC6 LISMO

На следующем рисунке ортологичные группы, содержащине более трёх белков, покрашены в разные цвета.
g

На следующем рисунке ортологичные группы, содержащие более трёх белков, схлопнуты и подписаны.
g

CLPX - АТФ-связывающая субъединица АТФ-зависимой протеазы Clp. Дерево, построенное для этого белка, включает последовательности из всех семи бактерий лишь отдалённо напоминает исходное филогенетическое дерево бактерий. FTSH - АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза. Её ортологичная группа содержит 6 из 7 бактерий, и её дерево полностью совпало с исходным.