Назад

Для расчёта информационного содержания использовались последовательности из предыдущего практикума, которые использовались для рассчёта PWM. Информационное содержание для позиции вычислялось по формуле: f(b, j) log2(f(b, j)/ p(b)), где f(b, j) — частота основания b в позиции j, p(b) — частота основания, вычисленная исходя из GC-состава последовательности. Если для основания в позиции f(b, j) = 0, IC считается равным нулю. Информационное содержание выравнивания: 7.25 IC.

LOGO для этих последовательностей:

g

Отчёт FIMO:

FIMO

Наиболее достоверной находкой является TTAACGAACT, соответсвующая первой находке MEME. Эта последовательность встречается перед всеми поздними генами, а также перед геном полипротеина. В случае второго позднего гена нашлась последовательность, находящаяся внутри самого гена, которая совпадает с консенсусом, то есть является более вероятным кандидатом на роль сигнальной, чем та, которую нашла MEME. Перед четвёртым поздним геном не было найдено ничего более достоверного, чем в случае с MEME, так что оно скорее всего и является сигнальной.
LOGO последовательности Козак вируса:

LOGO

Видно, что последовательность Козак у этого вируса очень неконсервативная, поэтому построить консенсус не получилось, поэтому и сравнить с человеческой не получится. Небольшое сходство с человеческой последовательностью Козак можно разглядеть в позициях -6 и -4, но с большой долей вероятности это просто совпадения.

В качестве другого штамма был взят вирус Bat coronavirus HKU5-2. Отчёт FIMO:

FIMO

Видно, что наиболее достоверный мотив тот же, но встречается немного в других местах.

В качестве родственного вируса был выбран Betacoronavirus HKU24, также представитель бетакоронавирусов. Отчёт FIMO:

FIMO

Здесь найден мотив, который раньше был вторым. Наиболее достоверный мотив из первого коронавируса здесь не встретился, хотя один раз втретилась очень похожая на него последовательность. Таким образом мы можем предположить, что мотив данного коронавируса специфичен для вида: он встречается у разных штаммов, но не у других представителей бетакоронавирусов.

`