О себе | I семестр | II семестр | Сайт ФББ

BLAST

1. Характеристики списка находок

Таблица 1.
Всего находок	116
Находок с E-value<1e-4	115
Максимальное E-value	0.30
Список находок лимитирован	E-value

2. Изменение длины слова

Таблица 1.
Всего находок	144
Находок с E-value<1e-4	123
Максимальное E-value	9.8
Список находок лимитирован	E-value

3. Изменение объёма поиска

Для этого задания была выбрана находка Q49Y40.1 с E-value=1е-10.

Таксономия организма
Bacteria
Firmicutes
Bacilli

Bacillales
Staphylococcaceae

Staphylococcus
Был произведен поиск по типу (phylum) Firmicutes.
Количество находок в новом сеансе поиска - 62, то есть значительно уменьшилось по сравнению с предыдущими вариантами поиска, а значит E-value должен также уменьшиться: у нас осталось меньше вариантов для выбора последовательности. E-value этой находки равен 1e-11, то есть уменьшился в десять раз, значит суммарная длина записей из банка последовательностей, откуда мы их брали, уменьшилась тоже примерно в 10 раз (E-value зависит от длины исходной последовательности, веса выравнивания - они в нашем случае не меняются - и от размера базы данных). Score не зависит от объема банка, поэтому не будет меняться при изменении объема поиска.