Для построения выравниваний были взяты белки DAPF_ECOLI, DAPF_BACSU, DAPF_HAEIN. Выравнивания были построены программами t-coffee, muscle и mufft (сверху вниз соответственно). Здесь можно найти проект с этими выравниваниями.
Легко заметить, что выравнивание, построенное программой t-coffee (верхнее), отличается от двух других сильнее, чем остальные два друг от друга.

Рисунок 1.
Выравнивание mufft (нижнее) в самом начале отличается от остальных (оно выравнивает 3 метионина (1) друг с другом и фенилаланин (4) с двумя гэпами, а остальные выравнивают Met (1) с двумя гэпами и Phe (4) с двумя Met (1)), и, вероятно, оно более верное, так как одинаковые буквы (М) стоят в одной колонке.

Рисунок 2.
Тирозин (52) у DAPF_ECOLI и DAPF_HAEIN выравнивается с серином (56) программой t-coffee, с аспарагиновой кислотой (57) программой muscle, с гэпом программой mufft.

Рисунок 3.
Пролин (27) в DAPF_BACSU выравнивается с пролином (27) программой t-coffee, и с фенилаланином (24) двумя другими программами.

На основании приведенных примеров можно сказать, что программа t-coffee, скорее всего, лучше подходит для данного выравнивания.

© Антоненкова Юлия, 2017