О себе | I семестр | II семестр | Сайт ФББ

Выравнивание последовательностей белка с помощью программы JalView

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Diaminopimelate epimerase	DAPF_ECOLI	DAPF_BACSU	456.0	35.9	53.1	22	9
Dihydrofolate synthase/folylpolyglutamate synthase	FOLC_ECOLI	FOLC_BACSU	421.0	28.1	44.2	72	16
33 kDa chaperonin	HSLO_ECOLI	HSLO_BACSU	227.0	24.1	42.0	55	12

Названия белков с одинаковыми мнемониками у двух организмов совпадают.

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Diaminopimelate epimerase	DAPF_ECOLI	DAPF_BACSU	457.0	36.4	53.8	19	7	95.5%	97.9%
Dihydrofolate synthase/folylpolyglutamate synthase	FOLC_ECOLI	FOLC_BACSU	430.0	29.6	46.1	60	14	90.8%	95.4%
33 kDa chaperonin	HSLO_ECOLI	HSLO_BACSU	231.0	25.0	43.5	46	10	91.2%	93.8%

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Таблица 3. Характеристики глобального парного выравнивания негомологичных белков
Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Autoinducer-2 kinase	Transcriptional activator AdeR	LSRK_ECOLI	ADER_BACSU	37.0	12.8	23.4	332	23

Таблица 4. Характеристики локального парного выравнивания неродственных белков
Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Autoinducer-2 kinase	Transcriptional activator AdeR	LSRK_ECOLI	ADER_BACSU	56.5	17.7	32.5	136	17	74.5%	92.5%

И в глобальном, и в локальном выравниваниях большое количество гэпов и инделей и слишком маленький процент идентичных и похожих аминокислот, из этого с уверенностью можно сделать вывод, что данные белки не гомологичны.

4. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview.

Глобальное выравнивание белков DAPF_ECOLI и DAPF_BASCU в виде проекта Jalview.

Файл с проектом

5. Множественное выравнивание белков

Файл с проектом

Для мнемоники DAPF нашлось 420 белков. Во множественном выравнивании есть много участков, которые значительно более консервативны, чем остальные; белки выровнялись не очень хорошо, особенно DAPF_CHLPN, который заметно чаще других не подчинялся общему тренду. Тем не менее, белки, очевидно, гомологичны.