Bedtools

Команда	Что делает	Входной файл	Выходной файл
bedtools bamtobed -i pr12_t2_3.bam > pr13_t1_1.bed	Перевод файла формата .bam в формат .bed	pr12_t2_3.bam	pr13_t1_1.bed
grep chr4 gencode.genes.bed > pr13_t1_genes.bed	Выбирает строки с четвертой хромосомой из файла gencode.genes.bed, записывает их в файл pr13_t1_genes.bed	gencode.genes.bed	pr13_t1_genes.bed
bedtools intersect -a pr13_t1_genes.bed -b pr13_t1_1.bed -u > pr13_t1_2.txt	Поиск ненулевых (-u) пересечений файлов pr13_t1_genes.bed и pr13_t1_1.bed	pr13_t1_genes.bed pr13_t1_1.bed	pr13_t1_2.txt
bedtools intersect -a pr13_t1_1.bed -b pr13_t1_2.txt -c > pr13_t1_3.txt	Определяет точное число ненулевых пересечений; все интервалы из файла pr13_t1_2.txt имеют ненулевое пересечение с pr13_t1_1.bed, параметр -c определяет число пересечений	pr13_t1_1.bed pr13_t1_2.txt	pr13_t1_3.txt

Номер задания	Команда	Что делает	Входной файл	Выходной файл
1	bedtools bamtofastq -i pr12_t2_3.bam -fq pr13_01.fastq	Из файла в выравниванием (-i) получает файл с чтениями в формате fastq (-fq)	pr12_t2_3.bam	pr13_01.fastq
3	bedtools makewindows -g pr13_03_chr4_length.txt -w 1000000 > pr13_03_intervals.bed	Разбивает хромосому на фрагменты по 1 млн (-w) нуклеотидов (-g - файл с длиной хромосомы). Длина хромосомы в нуклеотидах - 191154276. Получилось 192 интервала.	pr13_03_chr4_length.txt	pr13_03_intervals.bed
5	bedtools random -l 200 -n 1000 -g pr13_03_chr4_length.txt > pr13_05_intervals.bed	Набирает из хромосомы 1000 (-n) случайных фрагментов по 200 (-l) нуклеотидов (-g - файл с длиной последовательности), записывает их координаты в файл	pr13_03_chr4_length.txt	pr13_05_intervals.bed