О себе | I семестр | II семестр | Сайт ФББ

A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1

Задание 2

В сторону большой бороздки обращены атомы C5, C4, O4, C5M В сторону малой бороздки обращены атомы N1, C2, O2

Данные экспериментальных структур

A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали, Ангстрем	29.19	36.67	43.50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	11.36 (от гуанина)	17.53 (от аденина)	18.30 (от цитозина)
Ширина малой бороздки	15.99 (от гуанина)	10.55 (от аденина)	9.87 (от цитозина)

Задание 3

Strand I. Значения торсионных углов
	base	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
1	C	---	-174.0	43.6	82.9	-144.4	-72.3	-160.8
2	U	-70.3	-175.9	50.2	83.3	-149.4	-68.7	-165.3
3	C	-78.4	167.7	68.0	80.3	-150.1	-68.6	-163.8
4	U	-67.7	168.0	58.7	80.9	-140.0	-91.7	-158.1
5	C	-56.6	149.6	62.9	79.0	-152.4	-80.5	-162.2
6	G	117.6	-162.0	-151.6	92.2	-144.2	-71.4	-173.8
7	G	-64.0	176.2	67.5	134.8	-110.6	-42.3	-140.1
8	G	58.5	167.7	36.2	83.3	-144.4	-70.8	-179.7
9	G	-68.8	176.5	58.3	77.6	-141.3	-77.3	-168.3
10	G	-65.3	160.0	66.5	77.8	-149.3	-71.2	-166.7
11	C	-66.1	171.7	53.1	78.7	-141.0	-92.0	-159.8
12	G	105.8	-146.6	-138.7	96.8	-142.9	-68.2	-178.4
13	t	-67.6	177.3	51.6	81.7	-143.0	-71.7	-164.9
14	P	168.9	-149.8	154.6	79.4	-122.6	-53.5	-167.6
15	U	---	129.7	64.6	82.3	-147.5	-71.5	-164.7
16	G	-91.4	167.3	79.8	76.8	-154.3	-78.2	-164.9
17	A	-70.2	165.1	65.9	82.2	-146.3	-58.1	-167.9
18	g	-177.6	-159.0	63.2	88.0	-139.2	-75.3	-178.9
19	C	-69.7	169.9	59.1	81.8	-149.0	-66.3	-166.8
20	C	-76.4	-173.7	53.9	78.9	-153.8	-7.3	-165.9
21	A	-145.2	105.4	164.9	95.0	-142.7	-87.8	-171.1
22	A	-82.2	-177.0	56.6	79.3	-145.9	-56.3	-166.1
23	G	-76.5	166.2	71.6	82.4	---	---	-159.0
24	G	-62.2	162.8	36.9	139.6	---	---	-76.8

Strand II. Значения торсионных углов
	base	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
1	G	-60.6	166.5	59.4	82.2	-145.9	-61.7	-168.0
2	A	-59.3	152.2	65.0	78.2	-151.8	-70.6	-170.0
3	G	-61.4	171.0	50.5	79.8	-137.8	-80.3	-166.0
4	G	-60.2	171.7	56.1	77.4	-144.7	-74.7	-172.2
5	G	-65.6	168.3	55.4	73.3	-155.1	-74.8	-172.1
6	C	-65.8	170.1	56.1	80.2	-145.0	-83.4	-162.2
7	C	-62.2	175.2	46.9	81.7	-146.6	-76.2	-160.9
8	C	-66.0	163.3	70.5	78.8	-145.8	-76.9	-171.1
9	C	-66.3	167.6	52.2	78.8	-147.2	-72.3	-164.1
10	C	-62.0	163.8	61.3	80.5	-144.8	-77.5	-158.3
11	G	-72.6	-171.0	46.7	80.9	-142.5	-79.0	-167.4
12	C	-84.9	-176.4	35.5	81.6	-154.6	-71.6	-169.4
13	a	-66.2	-136.1	65.4	143.4	-110.2	179.6	-74.6
14	g	---	149.0	58.7	140.6	-86.7	-156.5	-105.5
15	A	-135.1	-105.6	76.7	126.7	156.8	-85.3	-126.0
16	C	-58.4	172.2	49.0	79.9	-172.1	-71.5	-164.7
17	g	-70.5	166.6	63.3	81.2	-141.3	-70.9	-174.6
18	C	-67.5	172.4	59.8	76.8	-139.7	-65.6	-166.4
19	G	-61.3	163.1	47.9	75.5	-147.8	-69.3	-171.3
20	G	137.8	-144.8	-178.6	92.9	-116.0	-79.8	-178.5
21	A	-8.1	157.5	24.05	73.8	-149.9	-78.2	-159.2
22	U	-86.1	-145.9	53.5	81.6	-101.2	-146.2	-164.2
23	c	-132.9	160.6	138.0	141.4	-148.6	69.9	-131.3
24	C	-176.3	137.2	44.1	88.2	-146.5	-63.9	-157.3

Значения торсионных углов для сгенерированных структур ДНК
A-форма
	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
B-форма
A	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
T	-29.9	136.3	31.1	143.3	-140.8	-160.5	-97.9
C	-29.9	136.4	31.1	143.4	-140.8	-160.5	-98.0
G	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
A	-29.9	136.4	31.1	143.4	-140.8	-160.5	-98.0
Z-форма
C	-139.5	-136.7	50.9	137.6	-96.5	81.9	-154.3
G	52.0	179.0	-173.8	94.9	-103.6	-64.8	58.7

В сгенерированной последоваательности ДНК в В-форме значения торсионных углов beta, gamma и delta повторяются циклически каждые 5 нуклеотидов, то есть у 1-го и 6-го, у 2-го и 7-го, у n-го и (n+5)-го нуклеотида в цепочке эти углы будут совпадать. В А-форме ДНК все углы у всех нуклеотидов совпадают (отклонения редки и минимальны), в Z-форме - углы всех C совпадают и углы всех G совпадают. Судя по торсионным углам, тяжи структуры тРНК (2dlc) больше всего похожи на А-форму ДНК.

Координаты стеблей:

[501: 507] - [572; 566]                 
[549; 554] - [565; 558] (Только GC пары)
[542; 544] - [528; 526]
[510; 513] - [525; 522]


[N; N+n] - [M+n; M]  означает:

N   --   M+n
N+1 --   .
.   --   .
.   --   .
.   --   M+1
N+n --   M

Неканонические пары оснований:

544--526 Ag
513--522 AA

Комплементарные пары, не входящие в стебли:

555--518 PG
514--508 AU
515--548 GC
519--556 GC