Учебный сайт Юлии Антоненковой

О себе | I семестр | II семестр | Сайт ФББ

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программ find_pair и RNA_fold были получены следующие данные:

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 2dlc.pdb
Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-501-507-3' 5'-566-572-3' Всего 7 пар	6/7	6/7
D-стебель	5'-510-513-3' 5'-522-525-3' Всего 4 пары	2/4	3/4
T-стебель	5'-549-552-3' 5'-562-565-3' Всего 4 пары	2/4	4/4 + 1 лишняя
Антикодоновый стебель	5'-542-544-3' 5'-526-528-3' Всего 3 пары	1/3	2/3 + 3 лишних
Общее число канонических пар нуклеотидов	16	23	19

Результат программы einverted с параметрами gap penalty 2, threshold 9, match 3, mismatch -2 (подобраны подбором, наиболее удачный вариант и опробованных) :

SEQUENCE: Score 40: 23/31 ( 74%) matches, 8 gaps
       1 ctctcggtagccaagttgggaaggcgcaaga-ctgtaaa 38      
         ||| |||  | | || |  |||  |||  || ||  || 
      72 gagggcc-cccgctc-a-gctt--gcgggctgga-gttc 40

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр.1

Заданные множества атомов:
set1 - множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы
set2 - множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты
set3 - множество атомов азота в азотистых основаниях

Ссылка на скрипт с определениями этих множеств

Ссылка на скрипт, вызов которого в JMol даст последовательные изображения:
всей структуры
только ДНК в проволочной модели
той же модели с выделенными шариками множеством атомов set1
... set2
... set3

Упр.2. Описание ДНК-белковых контактов в заданной структуре (1HDD)

Полярные атомы - O, N
Неполярные атомы - C, P, S
Полярный контакт: расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5 Ангстрем
Неполярный контакт: расстояние между неполярным атомом белка и неполярным атомом ДНК меньше 4.5 Ангстрем

Скрипт, использовавшийся для получения следующей таблицы.
Контакты разного типа в комплексе 1HDD.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	13	17
остатками фосфорной кислоты	7	8	15
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	8	10
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	1	2

Упр. 3. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot

Упр. 4

a. Arg3 - две водородные связи с ДНК.
b. Наиболее важные аминокислотные остатки - те, которые обеспечивают избирательное связывание белка с опреденной последовательностью ДНК. Значит, нужно выбрать остатки, взаимодействующие с азотистым основанием, а не с остовом ДНК. Например, выберем остатки ILE47 (первая картинка) и ARG5 (вторая и третья картинки).