О себе | I семестр | II семестр | Сайт ФББ

Геномное окружение. База данных GO

Информация о COG 0775

Белок: AHV36344.1 5'-methylthioadenosine nucleosidase [Aeromonas hydrophila YL17]
Идентификатор КОГа: COG0775
e-value для отнесения белка к данному КОГу: 1.52e-21
Интервал: 31-271
Количество остатков в белке: 234
Название КОГа и функциональная категория: Nucleoside phosphorylase (Нуклеозидфосфорилаза)

Визуализация геномного окружения

Pdf-файл с выдачей программы COGNAT для КОГа 0775.
Neighborhood Size = 9, Occurrence Threshold = 7%.
Для данных параметров было найдено 3 КОГа, создающих геномное окружение КОГа 0775, а именно КОГи 1562 (Phytoene synthase), 1657 (Squalene-hopene cyclase), 0535 (Hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH).
Консервативное геномное окружение не наблюдается: при данных параметрах если есть КОГи, формально создающие геномное окружение, согласно выдаче программы, то нет самого рассматриваемого КОГа 0775. А КОГи 1562, 1657, 1535 если и появляются в каком-то организме, то почти всегда по 3 или 2 шт сразу.

Отнесение белка 5'-methylthioadenosine nucleosidase из Aeromonas hydrophila YL17 к терминам GO

Лучший найденный белок: TIGR_CMR организма Shewanella oneidensis MR-1 (Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella; Shewanella oneidensis). Организм исходного белка Aeromonas hydrophila YL17 (Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Aeromonadales; Aeromonadaceae; Aeromonas; Aeromonas hydrophila) отличается от найденного в таксоне order.
E-value выравнивания этих белков = 3.1e-74, P-value = 3.1e-74, Identities = 137/243 (56%), Positives = 173/243 (71%). Найденный белок не совпадает с исходным, но очень похож на него.

Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q8EB30 (TIGR CMR)
Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс (Biological process)	GO:0008152	metabolic process	метаболический процесс	ISS
Молекулярная функция (Molecular function)	GO:0008782	adenosylhomocysteine nucleosidase activity	Аденозилгомоцистеиннуклеозидазная активность	ISS
Молекулярная функция (Molecular function)	GO:0008930	methylthioadenosine nucleosidase activity	Метилтиоаденозиннуклеозидазная активность	ISS

Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Предсказание свойства основано на анализе схожести последовательности данного белка с другими белковыми последовательностями (в т.ч. могут использоваться данные о вторичной структуре).