PyMOL сессия
В этом задании требовалось показать потенциальные взаимодействия белка (главной протеазы коронавируса) и лиганда в структуре 5rej. Был обнаружен атом кислорода лиганда, который, возможно, образует водородную связь с одним из атомов азота остова.
Структуры 6td0 и 6jn3. В первой структуре, в отличие от второй, изолинии электронной плотности образуют шарики вокруг атомов, это говорит о лучшем качестве данных первой структуры по сравнению со второй. Тем не менее, можно заметить, что в обеих структурах есть пробелы в данных электронной плотности, которые часто расположены на одних и тех же местах. По данным PDB, разрешение структуры 6td0 - 0.99 Ангстрем, а структуры 6jn3 - 0.22 Ангстрем. Это согласуется с рассуждениями, приведенными выше.
На рисунках показан остов белка (5rej), покрашенный по b-фактору: самые подвижные участки - красные, неподвижные - зеленые. Зеленым обозначена электронная плотность на уровне подрезки 1, желтым - 2, красным - 3.
Остов целого белка
Остов части белка
По рисункам заметно, что при увеличении уровня подрезки от 1 до 3 первыми перестают быть покрытыми mesh-ем самые подвижные участки. Это может быть связано с тем, что из-за подвижности лиганд кристаллизуется в немного разных положениях, поэтому фазы сигналов, приходящих от него, совпадают плохо и частично "нейтрализуют" друг друга, поэтому сложно восстановить функцию ЭП для лиганда.
© Антоненкова Юлия, 2017