ЯМР vs РСА

Задание 1

В этом задании будут рассматриваться две структуры одного белка, а именно аллергена берёзовой пыльцы, полученные разными методами. Информация о структурах представлена в таблице ниже.

	ЯМР	РСА
PDB ID	1B6F	1LLT
	Conformers Calculated: 60 Conformers Submitted: 23	Resolution: 3.10 Angstrem R-Value Free: 0.301 R-Value Work: 0.274

Серая - ЯМР-структура 1B6F.
Цветная - структура 1LLT, полученная методом РСА.
Наложение структур получено с помощью команды super.

Самое значимое отличие структур - длинный бета-тяж, обозначенный на рисунках зелёным: в ЯМР-структуре 1B6F (серой) он гораздо короче, чем соответствующий тяж в РСА-структуре, и скручен относительно последнего. Последовательности моделей совпадают. В предположительно стабильных участках соответствующие остатки в двух можелях расположены похоже, в нестабильных участках, например, петлях между бета-тяжами, боковые цепи остатков, ожидаемо, могут не накладываться друг на друга.

Задание 2. RMSF

В этом задании были рассмотрены две структуры нового белка: ЯМР - 2Y4W и РСА - 2YB6

На рисунке изображен график, где каждая точка соответствует одному остатку, а её координаты x и y соответствуют среднему значению RMSF для этого остатка в ЯМР модели и среднему значению B-фактора этого остатка в РСА модели соответственно. Заметна некоторая корреляция рассматриваемых параметров: для остатков с бОльшим B-фактором, то есть имеющих менее стабильное положение, параметр RMSF в среднем больше. Можно сделать вывод о том, что подвижность атома увеличивает значение параметра RMSF для него.

Задание 3

В этом задании требовалось рассмотреть несколько примеров водородных связей из рассмотренных в 1-м задании моделей. Полученная информация представлена в таблице.
В ядре белка не были найдены водородные связи, образованные боковыми цепями остатков, поэтому далее рассматриваются только две связи.

Водородная связь:	между атомами остова в ядре белка	в петлях, выходящих на поверхность глобулы
Остатки, образующие связь	TYR83/O ASN100/N находятся на разных тяжах b-листа снаружи глобулы	LYS123/O HIS126/N находятся на одной петле, выдающейся из белка
Расстояние в РСА	3.0	2.8
В каком числе (и проценте) моделей ЯМР есть водородная связь	23 модели 100%	10 моделей 43,5%
Min значение расстояния в ЯМР	2.7	2.5
Max значение расстояния в ЯМР	3.2	4.1
Медианное значение расстояния в ЯМР	3.0	3.1

Выводы	Связь подтверждается и в РСА, и во всех ЯМР моделях. Можно с уверенностью говорить о её существовани.	Связи нет или, возможно, она есть, но слабая, в большинстве ЯМР моделей. Это говорит о том, что, вероятно, связь не очень сильная. Кроме того, подвижность петли, в которй она расположена, может мешать её стабильности.