В этом практикуме будут использоваться две структуры одного и того же белка (дипептидил пептидазы 3) человека в открытой (PDB:3FVY) и закрытой (PDB:5EGY) форме. Ниже изображено струкурное наложение молекул. Открытая форма 3fvy - темно-серая, закрытая 5egy - разноцветная. Обе модели получены с помощью РСА. В структуре закрытой формы есть ион цинка и ион магния, в открытой кроме этих двух ионов есть ион хлора.
| 3fvy | 5egy | |
|---|---|---|
| Форма | открытая | закытая |
| MS | 89608.461 | 74730.320 |
| SAS | 47464.809 | 29430.996 |
| Номер кармана | Открытая форма Volume score | Открытая форма Real volume |
Закрытая форма Volume score | Закрытая форма Real volume |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 3.6667 | 4470.8696 | 3.6290 | 5206.7739 |
| 3 | 4.3182 | 2415.1792 | 4.2051 | 4711.3018 |
| 4 | 3.6364 | 1688.1311 | 3.6341 | 4582.0132 |
| Среднее значение b-фактора атомов остатка | 34.55 | 8.14 |
| Остаток | VAL 1, chain A | THR 38, chain A |
| Местоположение в структуре | На поверхности белка. Перый остаток цепи A. | Внутри белка. Плотно окружён несколькими другими остками. |
| B-факторы всех атомов остатка |
34.71 34.44 33.95 34.32 34.88 34.8 34.77 |
8.71 7.77 8.25 8.13 8.01 7.45 8.67 |
| Стандартное отклонение | 0.31 | 0.42 |
© Антоненкова Юлия, 2017