Описание каталазы-пероксидазы 2 (Catalase-peroxidase 2) из генома Haloarcula marismortui ATCC 43049
Основная информация о белке
Каталаза-пероксидаза (KatG) является бифункциональным ферментом с каталазной и пероксидазной активностью широкого спектра действия.
Эти ферменты развивались у бактерий, однакоко были также обнаружены в геномах низших эукариот.
Известно, что пероксид водорода является токсичным побочным продуктом аэробной жизни, поэтому в ходе клеточной эволюции существенную
роль играло его быстрое и эффективное удаление. В клетках развивались ферменты не только способные к дисмутации пероксида, но и
к его разложению с помощью различных органических и неорганических соединений - доноры электронов.
[1]
Большинство известных на данный момент представителей KatG (около 360 видов) кодируются в бактериальных геномах и наиболее изучены
на примере бактерий и архей, в то время как эукариотические придставители KatG (распространены в основном у грибов и протистов)
практически не описаны.[2]
Каталаза-пероксидаза 2 секрецируется в основном внеклеточно, в отличие от представителей каталазы-пероксидазы 1 - они секрецируются
по большей части внутриклеточно.[3]
Данный фермент обладает широким спектром действия и низкой специфичностью к субстрату, он стабилен при pH от 5,5 до 11, однако
оптимальным для действия фермента является pH 5,5.[4]
В Таблице 1 представленна информация о белке, полученная из базы данных NCBI путем анализа его аминокислотной последовательности.
Идентификатор белка
AAV46121.1
Идентификатор генома
AY596297
Название белка
Каталаза пероксидаза 2
(Catalase-peroxidase 2)
Координаты гена в геноме
1046564..1048837
Длина гена (п.н.)
2274
Цепь
Обратная
Длина белка (а.о.)
757
Таблица 1.
Описание каталазы-пероксидазы 2 (Catalase-peroxidase 2) из генома Haloarcula marismortui ATCC 43049.
Ниже приведена аминокислотная последовательность белка. Скачать ее в формате .fasta можно здесь.
Структуру белка отражают приведенные ниже Рисунки 1-2, полученные с помощью методов компьютерного моделирования.
[5]
Посмотреть подробную модель структуры данного белка можно, перейдя по ссылке
(раздел - "Structure").
Получение геномного окружения гена белка
На Рисунке 3 можно видеть шесть рамок считывания. Зеленые и красные вертикальные штрихи обозначают старт-кодоны и стоп-кодоны
соответственно. Серые полосы обозначают открытые рамки считывания. Исследуемый белок находится на рамке считывания -3.
Соседние белки AAV64120.1 (функция неизвестна) у 5'-конца и AAV64122.1 (регулятор GTP-связывающего белка) у 3'-конца находятся
на рамках считывания -1 и +2 соответственно. Под блоком с рамками считывания схематично изображены гены. По направлению белых
стрелок на красном фоне можно определить, что исследуемый белок закодирован на обратной цепи ДНК.
Ссылки на использованные источники:
[1] www.ncbi.nlm.nih.gov
[2] Singh R, Wiseman B, Deemagarn T, Jha V, Switala J, Loewen PC. Comparative study of catalase-peroxidases (KatGs) Arch.
Biochem. Biophys. 2008;471:207–214.[PubMed]
[3] Zamocky M, Furtm?ller PG, Bellei M, Battistuzzi G, Stadlmann J, Vlasits J, Obinger C. Intracellular catalase/peroxidase
from the phytopathogenic rice blast fungus Magnaporthe grisea: expression analysis and biochemical characterization of the
recombinant protein. Biochem. J. 2009;418:443–451.[PubMed]
[4] www.uniprot.org
[5] www.ebi.ac.uk