Учебная страница
Жуковой Надежды
Студентки факультета биоинженерии
и биоинформатики МГУ им. Ломоносова
ПРАКТИКУМ №10:
Геномные браузеры
Задание №1: Опишите крупные эволюционные события в геномах 3-5 штаммов одного вида бактерий
Для анализа были выбраны бактерии вида Mycoplasma pneumoniae штаммов CO3, 519 и 11-1384. С помощью программыNPG-explorer был построен нуклеотидный пангеном.Log-файлы, в которые были перенаправлены выходные потоки можно скачать:
log_prepare
log_examine
log_make
log_post
Задание №2: Опиcание стабильного ядра нуклеотидного пангенома
Информация была получена из файла pangenome.infoЧисло блоков (s-blocks): 122
Размер нуклеотидного ядра как процент нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во всех геномах: 90.95%
Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков: 95.29%
Задание №3: Описание крупной делеции
Поиск делеций был произведен посредством поиска h-блоков и анализа того, какой фрагмент из какой последовательности отсутствуетв том или ином h-блоке. К сожалению, ни одного h-блока найденно не было, что наталкивает на мысли о том, что делеций нет. Посредством
просмотра r-боков также не удалось найти такой блок, в котором бы не было части последоваельности одного из геномов.
Задание №4: Описание одной перестановки g-блоков
Неожиданно было обнаружено, что аждый из геномов содержит лишь один g-блок, поэтому вопрос об их перестановки разрешить непредставляется возможным. Вероятно, это связано с тем, что выбранные штаммы очень похожи.
скачать изображение
Задание №5: Примеры ошибок в аннотации генов
Ошибка в анатации была найдена в блоке s3x1738n1. Она заключается в том, что только у двух из трех геномов в данном месте естьанотация, а у третьего - нет.
Вывод
Построение нуклеотидного генома с помощью NPG-explorer позволяет описать стабильное ядро нуклеотидного пангенома, оценить схожестьгеномов, найти крупные эволюционные изменения (например, делеции) и перестановки g-блоков, также можо найи ошибки в анотации
отпределенных генов.