Учебная страница
Жуковой Надежды
Студентки факультета биоинженерии
и биоинформатики МГУ им. Ломоносова
ПРАКТИКУМ №6:
Секвенирование по Сенгеру. Хроматограммы.
Скачать: 1. Результирующая последовательность в формате fasta 2. Выравнивание последовательностей в формате fasta
3. Хроматограммы прямой и обратной цепи
Задание №1: Получение последовательности ДНК на основании данных, полученных
из капиллярного секвенатора. Проблемы при чтении хроматограмм.
Нечитаемые участки програма Chromas определила как: в прямой цепи 5' 1-32 и 519-834 3'; в обратной 3' 713-864 и 1-39 5'.Хроматограмма прямой цепи достаточно хорошая, и спорные нуклеотиды появляются только в конце. Качество хроматограммы обратной цепи
значительно ниже (ничитаемые концы очень длинные). В итоге, исходя из выравнивания, наверняка определить можно не очень большую часть
последовательности, однако багодаря наличию прямой и обратной цепи, некоторые нераспознанные нуклеотиды можно восстановить вручную.
Уровень шума в хроматограмме прямой цепи достаточно незначительный, хотя местами встречаются участки с повышенным уровнем шума, в то
время как средний уровень шума хроматограммы обратной цепи несколько выше.
На картинках них представлены фрагменты обратной последовательности, которые программа Chromas не смогла распознать. К счастью,
данные фрагменты представленных в хорошем качестве в прямой последовательности, поэтому можно восстановить последовательность. Так,
в позиции 37 N была заменена на T, в позициях 87 и 90 - на C, в позициях 113 и 122 - на T.
Задание №2: Поиск и анализ нечитаемых фрагментов хроматограммы.
На картинке ниже представлен фрагмент хроматограммы из файла '/public/y18/term3/block2/ab1_files/bad/kamp3_18SIII_R_F04_WSBS-Seq-1-08-15.ab1',не предоставляющий возможности прочесть его. Вероятно, это связано с тем, что в препарате находлось 2 ДНК, поскольку можно заметить примерно
по два пика одинаковой высоты в каждой позиции.
