описание бактерии Cytophaga hutchinsonii

Описание генома бактерии Cytophaga hutchinsonii штамм ATCC 33406

Cytophaga hutchinsonii – бактерия, разлагающая целюлозу.

Геном бактерии Cytophaga hutchinsonii содершится в одной кольцевой молекуле ДНК. Он описан в записи NC_008255.1 базы RefSeq. Длина генома – 4433218. Всего генов в геноме 3837, из них 3785 кодируют белки.

Важным белком большинства организмов является АТФ-синтаза, который участвует в синтезе АТФ – молекул, запасающих энергию. Данные по гену, кодирующему альфа-субъединицу АТФ-синтазы у бактерии Cytophaga hutchinsonii, приведены в таблице 1. На рис.1 изображен этот же ген (обозначен atpA).

Таблица 1. Ген АТФ-синтазы

Идентификатор гена	Координаты гена в геноме	Продукт гена по данным NCBI
YP_676815.1	226248..227828	F0F1 ATP synthase subunit alpha (Альфа-субъединица АТФ-синтазы FOF1 )

Рис. 1. Окрестность гена atpA в геноме Cytophaga hutchinsonii (сам ген выделен черной рамкой). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

В таблице 2 описаны все гены, которые предположительно могут находиться с геном atpA в одном опероне. В этой таблице приведены гены, находящиеся на той же цепи, что и ген atpA, и заключенные на том же участке, что и ген atpA, между двумя генами второй цепи (в данном случае обратной). Эти же гены показаны и на рис. 1.

Таблица 2. Гены, предположительно входящие в один оперон с геном atpA.

№	Начало	Конец	Ориентация	Межгенное расстояние	Поле/product	Перевод
1	223129	223368	1		hypothetical protein	Гипотетический белок
2	223686	224816	1	317	ATP synthase subunit A	A-субъединица АЕФ-синтазы
3	224856	225095	1	39	ATP synthase subunit C	C-субъединица АТФ-синтазы
4	225173	225676	1	77	F0F1 ATP synthase subunit B	альфа-субъединица АТФ-синтазы FOF1
5	225687	226235	1	10	ATPase subunit delta	дельта-субъединица АТФ-синтазы
6	226248	227828	1	12	F0F1 ATP synthase subunit alpha	альфа-субъединица АТФ-синтазы FOF1
7	227832	228719	1	3	ATP synthase subunit gamma	гамма-субъединица АТФ-синтазы
8	228781	229626	1	61	hypothetical protein	Гипотетический белок
9	229569	230819	1	-56	tRNA/rRNA cytosine-C5-methylase
10	230925	231644	1	105	peptidoglycan-associated outer membrane protein

Голубым выделено описание гена atpA. Красным – гены, которые могут и не входить в данный оперон,так как девятый перекрывается с восьмым, однако зачастую это не является помехой.