| Главная |
| Семестр 1 |
| Семестр 2 |
| Семестр 3 |
| Семестр 4 |
| О себе |
| Ссылки |
Выравнивание последовательностей с помощью Jalveiw
Построение выравнивания
Построение выравнивания
В задании предлагалось взять одно из произвольных множественных выравниваний или специально подготовленное. Мне показалось, что первое интереснее. Я установила Jalview на своем компьютере и открыла в нем выбранный fasta файл.
 |
 |
Далее было предложено выбрать два блока с полностью гомологичными колонками (вы видите их слева). Оказалось что у выбранного мною выравнивания не так много гомологичных структур, поэтому блоки получились не очень длинными. На изображении первого блока (112-119) вы можете видеть только 2 таких позиций (но есть еще несколько функционально гомологичных), а на изображении второго (98-106) - 3. |
 |
Третий блок (19-23), который предлагалось выделить, должен содержать гомологичные участки двух или нескольких последовательностей (но не всех). Здесь у меня возникли большие сложности. Несмотря на упорные поиски глазами, длинных блоков я не нашла. Блок из состоит из 5 аминокислотных остатков. Вы видите этот блок слева.
Зато он содержит даже две пары гомолокичных последовательностей: |
Разберем подробнее блок 1. Ниже приведена таблица консервативности. (Блок слишком маленький, чтобы процентные доли имели какое-либо отношение к реальности.)
| Все | 8 | 112-119 | 1-8 | 100% |
| Абсолютно консервативные | 2 | 114, 119 | 3, 8 | 25.0% |
| Абсолютно функционально консервативные | 3 | 114, 116, 119 | 3, 5, 8 | 37.5% |
| Консервативные на 70% (и выше) | 3 | 114, 116, 119 | 3, 5, 8 | 37.5% |
| Функционально консервативные на 70% (и выше) | 5 | 112, 113, 114, 116, 119 | 1, 2, 3, 5, 8 | 62.5% |
Для подсчета гепов я выбрала новый блок, составленный из блока 1 и блока 2. В нем два вертикальных блока расположены достаточно близко.
Блок 4.
В выбранном блоке всего 22 позиции, из них с гепами 4 (18,2%) .
Я добавила новую последовательнось и построила ее выравнивание. Она, очевидно, не случайна, так как в итоге можно соблюдать совпадение во всех консервативных позициях.
Блок 5.
С помощью сайта EMBOSS я получила консенсусную последовательность:
xxCYxxxgNGExYRGxVSvTkSGlxCQxxxxxxxxxWSxxxxxPHxHxxFxPsxYPxxxx xxxxxxxxxxxElxxxxxxxLexxxNYCRNPdgxDxNgPWCYTTNxxxxxWEYCDIPRCx
Графическое изображение получено с помощь сайта WebLogo.
Далее я построила выравнивание заведомо негомологичных последовательностей. Для этого я взяла первые шесть белков из списка. На рис 6. и рис. 7 вы можете видеть два "блока" из этого выравнивания. Участков консервативности на 70% и более только 2 на первом и 1 на втором.
 Рис.6 |
 Рис.7 |
Ссылка на проект. (См открытые окна)