Работа в Blast

В качестве исходной последовательности белка я, как и предполагалось, взяла fasts-файл моего белка из первого семестра. Результат, который мне выдал поиск Вы можете увидеть на рис 1 ниже. Как можно заметить, у меня не нашлось белков с Ident от 40% до 70%, поэтому я возьму белок с Ident 39%, accession: O34508.1.

Рис 1. Результат поиска гомологичных последовательностей.

Для ясности расшифруем названия колонок таблицы:

Description - описание найденого белка
Max Score - максимальный вес выравнивания одного фрагмента
Total Score - полный вес выравнивания всех фрагментов
Query Cover - процент покрытия данной последовательностью белка-гомолога
E-value - количество ожидаемых случайных находок с таким же или лучшим счетом
Ident - процент совпадения
Accession - AC number в базе Uniprot для данного белка

Далее посмотрим более подробную информацию о выбранном белке-гомологе.

Рис 2. Белок-гомолог.

Теперь объединим в один fasta-файл наш белок и белок-гомолог и построем с помощью все той же программы карту локального сходства (рис. 3). Как видно из полученной карты, последовательости довольно неплохо выравниваются. Четыре разрыва основной прямой соответствуют небольшим (в несколько позиций) участкам гепов одной из цепей. В самом конце несколько относительно случайных сходств, видимо, не имеющих отношения к гомологии.

Рис 3. Карта локального сходства.

Следующий пункт нашей программы - гомологи среди эукариот. Для этого в поле Organism я ввела eurakyotes (taxid:2759). Нашлось 19 гомологов (все представлены на рис. 4). Мне понравилось разнообразие видов, содержащих гомологичные белки: тополь, орангутан, триходерма - представители разных царств.

Рис 4. Гомологи среди эукариотов.

Для построения множественного выравнивания я выбрала только тех гомологов, у которых query cover >= 40. Само выранивание длинное, я привела типичный "блок" (в кавычках, потому что с гепами). Всего консервативных позиций оказалось 6(0,3%), а функционально консервативных - 8(0,4%). Такой низкий процент консервативностей связан с тем, что одна из семи последовательностей слабо гомологична всем остальным, к тому же еще и сильно длиннее, от чего очень много гепов. Так же видно, что сильно похожи последние три последовательности между собой, но не с остальными.

Рис 5. Множественное выравнивание 7ми гомологов.

Ссылка на проект. (См открытые окна)