|
|
Мотивы, MEME & ProSite.
Для дальнейшей работы с мотивами я решила взять выравнивание, полученное мною в практикуме по работе
с PsiBlast, но мне пришлось взять только 10 последовательностей из-за ограничений
на сайте Prosite. Для поиска мотивов я выбрала первые 10.(Ссылка
на fasta-файл.)
Был найден один мотив у 5 последовательностей. Я построила выравнивание 10 последовательностей, а затем
удалила те, в которых мотив обнаружен не был. Результат на рис. 1.
Рис. 1. Множественное выравнивание. 120-134 - мотив.
Результатом стал паттерн мотива PS01259; "Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature",
что можно понимать, как "характерная черта белков с таким мотивом - регуляция апоптоза, то
есть саморазрушения клеток, из семейства с каким-то таким названием". По графичеческой записи хорошо
заметна сильная вариабельность мотива, несмотря на то, что белки, которые выбрала для этого задания
я, имеют одинаковый вариант мотива. Графическая запись:
[LIVAT]-x(3)-L-[KARQ]-x-[IVAL]-G-D-[DESG]-[LIMFV]-[DENSHQ]-[LVSHRQ]-[NSR]
В базе Swiss-Prot 47 находок (в 47 последовательностях), а в базе TrEMBL - 564 находки
(в 564 последовательностях).
Сделаем таблицу. В первой строке будет паттерн, выданный программой, а далее - мои предположения для
слабого и и сильного вариантов. Так как мои последовательности оказались очень похожими и с полностью
идентичным мотивом, я и возьму его в качестве сильного. А в качестве слабого - чуть-чуть ослабленный
изночальный паттерн.
Таблица паттернов.
| изначальный паттерн |
[LIVAT] |
x |
x |
x |
L |
[KARQ] |
x |
[IVAL] |
G |
D |
[DESG] |
[LIMFV] |
[DENSHQ] |
[LVSHRQ] |
[NSR] |
| слабый паттерн |
x |
x |
x |
x |
[ILV] |
[KANRQ] |
x |
[IVAL] |
G |
[DE] |
x |
x |
x |
x |
[NSR] |
| сильный паттерн |
V |
A |
P |
M |
L |
R |
G |
A |
G |
D |
G |
V |
D |
R |
R |
Далее посмотрим, сколько находок получится по каждому паттерну. Для слабогопаттерна нашлось
5298 совпадения в Swiss-Prot и 10392 в Tremble, что говорит нам о том, что слабый паттерн я сделала слишком слабым,
поэтому его стоит заменить на {L-[KARQ]-x-[IVAL]-G-[DE]-[DESG]-x(3)-[NSR]} и попробовать еще раз. Результат:
359 в Swiss-Prot и 10 005 в Tremble. Стало не сильно лучше. Все-таки я перестаралась. Тогда возьмем в качестве
слабого паттерна изначальный, результат: 47 в Swiss-Prot и 564 в Tremble. Так и запишем.
Для сильного все еще хуже. Нашлось 0 в Swiss-Prot и 3 в Tremble, что меньше, чем у меня уже есть.
|
