Построение парных выравниваний

Мне было предложено изучить и сравнить разные способы построения парных выравниваний. Собственно выравнивание можно видеть на рис. 1. Из приведенных на сайте я выбрала первое, затем удалила из него все последовательности, кроме последних двух.

Рис. 1. Парное выравнивание, взятое из множественного.

Далее я получала парное выравнивание другим способом с использованием программ needle и water. Для этого я вводила запросы:

needle al1.fasta al2.fasta al_needle
needle al1.fasta al2.fasta al_needle_fasta -aformat3 fasta

water al1.fasta al2.fasta al_water
water al1.fasta al2.fasta al_water_fasta -aformat3 fasta

На рис. 2. можно видеть полученное с помощью needle выравнивание, а на рис. 3. - с помощью water. Также можно заметить, что участок, оставленный после обработки программой water выравнен так же, как соответствующий участок выравнивания от needle.

Рис. 2. Парное выравнивание с помощью needle.

Рис. 3. Парное выравнивание с помощью water.

В следующем задании мне нужно было построить парноее выравниватие с помощью тех же программ для заведомо негомологичных белков. Я взяла белок Оли Васюткиной и свой. Результат на рис. 4 и рис. 5.

Рис. 4. Парное выравнивание с помощью needle.

Рис. 5. Парное выравнивание с помощью water.

Таблица 1. Сравнение выравниваний.

Последовательности	Длина выравнивания	Число совпадений	Процент совпадений	Число сходных остатков	Процент сходных остатков	Число гепов	Процент гепов	Число открытий гепов
Гомологичные (needle)	166	39	23.5%	56	33.7%	54	32.5%	7
Гомологичные (water)	96	33	34.4%	47	49.0%	11	11.5%	4
Негомологичные (needle)	559	36	6.4%	65	11.6%	428	76.6%	10
Негомологичные (water)	90	21	23.3%	36	40.0	26	28.9%	4

Далее я совместила парное выравние из множественного и выравнивание, полученное с помощью needle. На рис. 6. участок различия выравниваний. На мой взгляд первое выравнивание лучше второго, так как в нем меньше гепов и открытий гепов.

Рис. 6. Участок различия выравниваний.

Ссылка на проект.