Наглядная химическая структура белка получена с помощью программы Jmol. Исходный pdb-файл был взят с сайта PDB protein data bank. Ниже приведены полученная модель и скрипт, с помощью которого в программе Jmol ее можно получить.

Рис. 1. Структура белка "mandelate racemase/muconate lactonizing family protein".

load 3Q4D.pdb zoom 53 select all cpk off wireframe off backbone off cartoons off ribbons off ribbons 100 background [0, 0, 0] select *A color [9, 250, 131] select *B color [250, 111, 10] select *C color [120, 99, 200] select *D color [111, 255,25] select *E color [23, 255, 210] select *F color [15, 180, 22] select *G color [230, 255, 13] select *H color [250, 25, 11] select *I color [15, 75, 220] select 310 color [255, 255, 255]

cpk 150 wireframe 200 select water color blue select mg cpk 100 color [255, 170, 255] label %a rotate quaternion {0.8443553 -0.14949447 -0.3676309 -0.35995346}

В уже упомянутом файле так же можно найти следующую информацию:

TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF DIPEPTIDE EPIMERASE FROM CYTOPHAGA HUTCHINSONII
TITLE 2 COMPLEXED WITH MG AND DIPEPTIDE D-ALA-L-ALA
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: MANDELATE RACEMASE/MUCONATE LACTONIZING ENZYME FAMILY;
COMPND 3 POSSIBLE CHLOROMUCONATE CYCLOISOMERASE;
COMPND 4 CHAIN: A, B, C, D, E, F, G, H, I;
COMPND 5 EC: 5.5.1.7;
COMPND 6 ENGINEERED: YES
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION. 3.00 ANGSTROMS.
HETNAM MG MAGNESIUM ION
HETNAM DAL D-ALANINE
HETNAM ALA ALANINE
FORMUL 10 MG 9(MG 2+)
FORMUL 11 DAL 9(C3 H7 N O2)
FORMUL 12 ALA 9(C3 H7 N O2)
FORMUL 37 HOH *131(H2 O)

Примерный перевод этой информации:

Название: структура единицы кристалла дипептида эпимиразы из бактерии cytophaga Hutchinsoni в комплексе с магнием и дипептидом D-ALA-L-ALA
Составляющие: