На рисунке слева показаны аминокислотные остатки, которые связаны с атомом магния (Mg) ионной связью. Ион магния заряжен положительно и имеет постоянный заряд Mg²⁺. Аминокислотные остатки несут отрицательный заряд: две аспарагиновые кислоты и глутаминовая в радикале, а аланин в свободной карбоксильной группе, которая у него не участвует в пептидной связи, так как он последний в цепи.

Меня удивило, что суммарный заряд аминокислотных остатков превышает заряд иона магния. На всякий случай я проверила, что в местах контакта с магнием других цепей моего белка в связи участвуют те же аминокислотные остатки. Поэтому я полагаю, что образующийся отрицательный заряд диктует важные свойства моего белка, как лактозорасщепляющего фермента.

Для удобства я убрала все остальные элементы белка с рисунка. Сам рисунок (с точностью до подписей) можно получить с помощью этого скрипта. Скрипт не объясняет, как именно я выбирала конкретные аминокислотные остатки. Я сначала убрала с экрана все остатки, находящиеся от белка, больше, чем на определенное небольшое расстояние, а затем глазами отобрала те аминокислотные остатки, которые непосредственно соединяются с атомом магния.

Длины связей: с ALA 0.246 nm и 0.286 nm; c ASP[190] 0.234 nm ; c ASP[241] 0.199 nm ; c GLU[216] 0.222 nm.