Поиск далеких гомологов с помощью PsiBlast.

Для начала из предложенного списка я случайным образом выбрала последовательность, выпала c AC Q1AHR3. Далее я ввела этот АС в поиск базы Uniprot и выяснила, что он пренадлежит организму Pan troglodytes (Chimpanzee), ген расшифрован и полон, последние изменения по этому белку в базу вносились летом этого года, поэтому он пока имеет статус непроверенного.

Дальнейшая работа с последовательностью в PsiBlast представлена в Таблице 1.

Итерация 1.
Нашлось 38 белков, прошедших порог, и 4 белка непрошедших. Самый худший из прошедших принадлежит ночнице (Myotis davidii), а самый лучший из непрошедших - бактерия (legionella geestiana). Разница между значениями их E-value 4 порядка.

Итерация 2.
Так как я про функции белков ничего не поняла (почти все никак не характеризованы), для второй итерации я выбрала всех, прошедших порог первой итерации. В результате порог прошло 40 белков: 38 старых (немного в другом порядке) и 2 из тех, что после первой итерации порог не прошли (оказались во втором блоке), второго блока на этот раз 15 белков. Самый худший из прошедших принадлежит другой ночнице (Myotis lucifugus), а самый лучший из непрошедших - Cорго зерновое (Sorqhum bicolor). Разница между значениями их E-value 4 порядка.

Итерация 3.
Для третьей итерации я взяла все белки, кроме последнего (из-за скочка E-value на 7 порядков), однако в результате в блоке прошедших порог оказались те, что были в этом блоке после второй итерации. В блоке непрошедший границу на этот раз оказалось 22 белка. Самый худший из прошедших принадлежит другой ночнице (Myotis lucifugus), а самый лучший из непрошедших - Ёж обыкновенный (Erinaceus europaeus). Разница между значениями их E-value 4 порядка.

Я решила, что на этом моменте дальнейшиие итерации бессмысленны и мое семейство гомологов сформировано. Следующим шагом мне нужно было построить их выравнивание (рис. 1).

Рис.1. Множественное выравнивание семейства гомологов.

Ссылка на проект. (См открытые окна)