|
|
Поиск сходных структур с помощью сервиса PDBeFold
Поиск сходного белка
Для поиска белка со сходной структурой я использовала сервис PDBeFold. В качестве параметов я
вводила идентификатор PDB моего белка и одну из цепей (их всего 9, я выбрала цепь A, как и во всех
остальных заданиях).
Поиск структур произошел достаточно быстро. Всего было просмотрено 96874 записей (250542 цепей), из них
программа выбрала 237 структур. Из них мне надо выбрать одну для сравнения с моим белком. Я, исходя
из многочисленных параметров, указанных в Таблице 1, выбрала CRYSTAL STRUCTURE OF DIPEPTIDE
EPIMERASE FROM ENTEROCOCCUS FAECALIS V583 (идентификатор PDB - 3JVA, цепь D).
Таблица 1. Сравнение цепи A моего белка и цепи D выбранного с помощью сервиса
PDBeFold.
| Параметр |
Расшифровка |
Значение |
| Nalgn |
число сопоставленных Cα атомов во входной цепочке и в находке |
338 |
| RMSD |
Root Mean Square Deviation (мера сходства структур) |
1.432 |
| %seq |
процент совпадающих аминокислотных остатков среди всех сопоставленных |
39.6 |
| Ng |
число "гэпов" (N- и C-концевые расхождения не считаются) |
4 |
| Query %SSE |
процент сопоставленных элементов вторичной структуры во входной структуре |
76 |
| Target (Match) %SSE |
процент сопоставленных элементов вторичной структуры в находке |
88 |
Построение выравнивания
Рис. 1. Совмещенные цепи.
|
С помощью Jmol я получила совмещение цепи А своего белка и цепи D найденного. Результат
на рис. 1. слева. Можно заметить сильное совпадение структур, особенно α-спиралей.
|
Подробное рассмотрение
Рис. 2. Участок совмещения белков.
|
На рис. 2 я показала участок совмещеия белков. В шариковой модели показаны Сα-атомы, кторые находятся на расстоянии
не больше 2.0Å. Темным веделена пара атомов, которая находится на расстоянии больше 1.5Å (остальные ближе).
Как я уже говорила, хорошо совпадает α-спираль, а дальше совпадения скорее случайны, это видно по направлению остова.
|
|