|
|
Работа в Uniprot
Прежде чем изучать белок в системе Uniprot, надо узнать его идентификатор в этой системе. Из первого
семестра мне известен идентификатор моега белка в системе RefSeq: YP_678745.1. В Id-mapping с помощью идентификатора в формате
RefSeq-protein можно узнать идентификатор в формате UniProtKB AC. Идентификатор
моего белка в последней: Q11T61 (Q11T61_CYTH3).
Белки полезно сравнивать со своими ортологами (сходными по ункции белками, которые разошлись
с данным на стадии видообразования). Чтобы найти их, я набрала в поле Protein name [DE] "mandelate racemase/muconate lactonizing", a в поле Taxonomy [OC]
"Cytophaga". Пользуясь своим синтаксисом, система поняла мой запрос так:
name:"mandelate racemase/muconate lactonizing" AND taxonomy:Cytophaga
На мой запрос Uniprot выдала 3 белка (один из них мой). Но оставшиеся два белка мне не очень хорошо
подходят, так как они одного представителя Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 /
DSM 2064 / UW101) (Cytophaga johnsonae). Больше того, оказалось трудным определить степень родства
этой бактерии с моей, так как, если классифицировать по основному названию, она попадает в другой класс
относительно моей, а если по названию, указанному в скобках, то к тому же роду.
Однако изменить запрос так, чтобы нашлись белки других
организмов рода Cytophaga, мне не удалось, поэтому я остановилась на этих, так как под
все остальные критерии они подходят. Они имеют в базе Uniprot идентификаторы A5FHW9_FLAJ1 и A5FG57_FLAJ1.
Для наглядности сравнение ортологов моего белка с моим я приведу в виде таблицы. Для нахождения
нужной информации я, действуя по инструкции, зашла на kodomo с помощью программы Putty и ввела запрос:
entret uniprot:Q11T61. В качестве ответа я получила файл
"q11t61_cyth3.entret", однако он мне не подошел, так как записан в fasta-формате. Поэтому
я решила скачать нужный файл напрямую с сайта Uniprot (и заодно два других файла тоже).
Таблица сравнения ортологов моего белка с моим.
|
Метка поля |
Содержание |
| Из генома Cytophaga hutchinsonii |
Из генома Cytophaga johnsonae (1) |
Из генома Cytophaga johnsonae (2) |
Идентификатор записи |
ID |
Q11T61_CYTH3 |
A5FHW9_FLAJ13 |
A5FG57_FLAJ1 |
| Код доступа первый ("Accession number") |
AC |
Q11T61 |
A5FHW9 |
A5FG57 |
| Код(ы) доступа (остальные) |
AC |
-- |
-- |
-- |
| Дата создания документа |
DT |
22-AUG-2006 |
12-JUN-2007 |
12-JUN-2007 |
| Дата последнего исправления аннотации |
DT |
13-NOV-2013 |
13-NOV-2013 |
13-NOV-2013 |
| Название (краткое описание) белка |
DE |
SubName: Full=Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate
cycloisomerase; EC=5.5.1.7 |
SubName: Full=Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein |
SubName: Full=Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein |
| Название организма |
OS |
Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) |
Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101)
(Cytophaga johnsonae) |
Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101)
(Cytophaga johnsonae) |
| Таксономия |
OC |
Bacteria; Bacteroidetes; Cytophagia; Cytophagales; Cytophagaceae; Cytophaga3 |
Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium |
Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium |
| Название гена и синонимы |
GN |
Name=tfdD; OrderedLocusNames=CHU_2140 |
OrderedLocusNames=Fjoh_2168 |
OrderedLocusNames=Fjoh_2788 |
| Номер публикции |
RX |
PubMed=17400776; DOI=10.1128/AEM.00225-07 |
-- |
-- |
| Авторы публикации |
RA |
Lukk T., Sakai A., Kalyanaraman C., Brown S.D., Imker H.J., Song L.,
Fedorov A.A., Fedorov E.V., Toro R., Hillerich B., Seidel R.,
Patskovsky Y., Vetting M.W., Nair S.K., Babbitt P.C., Almo S.C.,
Gerlt J.A., Jacobson M.P. |
Copeland A., Lucas S., Lapidus A., Barry K., Detter J.C.,
Glavina del Rio T., Hammon N., Israni S., Pitluck S., Goltsman E.,
Singan V., Schmutz J., Larimer F., Land M., Hauser L., Kyrpides N.,
Mikhailova N., Xie G., McBride M., Richardson P. |
Copeland A., Lucas S., Lapidus A., Barry K., Detter J.C.,
Glavina del Rio T., Hammon N., Israni S., Pitluck S., Goltsman E.,
Singan V., Schmutz J., Larimer F., Land M., Hauser L., Kyrpides N.,
Mikhailova N., Xie G., McBride M., Richardson P. |
| Название публикации |
RT |
"Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among
dipeptide epimerases in the enolase superfamily." |
"Complete sequence of Flavobacterium johnsoniae UW101." |
"Complete sequence of Flavobacterium johnsoniae UW101." |
| Журнал |
RL |
Appl. Environ. Microbiol. 73:3536-3546(2007) |
Submitted (APR-2007) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases |
Submitted (APR-2007) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases |
| Чем обосновано существование белка |
PE |
1: Evidence at protein level |
4: Predicted |
4: Predicted |
| Ссылки на базу 3D структур PDB |
DR |
PDB; 3Q45; X-ray; 3.00 A; A/B/C/D/E/F/G/H/I=1-368
PDB; 3Q4D; X-ray; 3.00 A; A/B/C/D/E/F/G/H/I=1-368 |
-- |
-- |
| Дополнительная информация |
| Особенность: связывание металла |
-- |
Связывание ионов магния |
Предсказывается связывание ионов металла |
Предсказывается связывание ионов металла |
| Комментарий о функции |
DR (GO) |
chloromuconate cycloisomerase activity |
catalytic activity |
catalytic activity |
| Комментарий о процессе |
DR (GO) |
-- |
-- |
cellular amino acid catabolic process |
|