|
|
Uniprot. Поиск по аннотации.
АТФ-синтаза - это белковый комплекс, который синтезирует АТФ из АДФ и фосфата. Мне надо найти его в геноме моей
бактерии. Для этого я использую поисковик в базе UniProt.
Таблица запросов
| Геном или таксон |
Строка запроса |
Число записей |
Комментарии |
| геном Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 |
organism: "Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406" |
0 |
ну да, так и обещали. пробуем дальше |
| штаммы "cytophaga hutchinsonii" |
organism:"cytophaga hutchinsonii" |
3775 |
действительно, широковат запрос |
| геном Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 |
organism: "Cytophaga hutchinsonii" AND organism: "ATCC 33406" |
3772 |
а, понятно, там еще слово "strain" в названии |
| геном штамма ATCC 33406 |
organism:"cytophaga hutchinsonii" AND name:"atp synthase" |
8 |
success |
Итак, на рис. 1 результат поиска. Fasta-файл с последовательностями
тут. Заметим, что для каждой находки
в графе "Protein evidence" стоит одно и то же: "Inferred from homology", что можно перевести, как
"предсказано изходя из гомологии". 5 из 8 находок проверены экспертом.
Рис 1. Результат поиска ATP-синтаз.
Для следующего поиска я выбрала Flavobacterium johnsoniae (Cytophaga johnsonae). Получилось 7 находок.
Fasta-файл с последовательностями
тут.
На рис. 2 результат. Для поиска я использовала аналогичный запрос:
organism:"flavobacterium johnsoniae" AND name:"atp synthase"
Можно обратить внимание, что на этот раз в графе "Protein evidence" у одной находки стоит не
"Inferred from homology", а "Predicted", что является более слабым утверждением. Экспертом
проверены на этот раз 5 находок из 7.
.png)
Рис 2. Результат второго поиска ATP-синтаз.
Следующим заданием было найти 10 гомологичных белков к одной из находок. Для этого я использовала BLAST.
Я ввела в поис последовательность аминокислот и получила 250 находок. Из них я выбрала 10 с наилучшим счетом.
Первая - сама запрошенная последовательность, она не считается.Fasta-файл с последовательностями
тут.
.png)
Рис 3. Результат поиска гомологов ATP-синтазы.
|