Предсказание генов у прокариот

Для аннотации был дан контиг из желудка Wallabia bicolor. Проведем предсказание двумя различными способами и сравним результаты.

Способ I

Будем предсказывать гены по открытым рамкам считывания. Применим программу getorf для поиска искомых рамок. Установим порог в 60 триплетов, такие рамки вероятнее будут соответствовать каким-то генам. Строка запроса:
getorf kontig -table 11 -find 1 -minsize 180 -out kontig.orf
Нашлось 18 рамок считывания (файл). Теперь узнаем, какие из предполагаемых генов имеют в базе Swiss-prot преполагаемых гомологов. Для поиска я использовала blastp, установила в качестве базы "swissprot", а в поле "Organism" "Bacteria (taxid:2)", так как в желудке с большой вероятностью могли попасться только бактерии. Результаты поиска я представила в Таблице 1, оставив только те результаты, в которых e-value<0.001, а перекрывание (если не скраю контига) не менее 80%. Первая строка под вопросом: перекрывание маленькое, но близко к краю, зато e-value очень хорошее.

**Таблица 1. Рамки, прошедшие фильтр.**
Начало	Конец	Длина в а.о.	Цепь	Описание
1776	2657	?	-	описание отсутствует
768	1769	334	-	амидотрансфераза
222	764	181	-	регулятор транскрипции
1	222	74	-	аминотрансфераза

Способ II

Теперь воспользуемся программой GeneMark. Нашлись те же рамки, однако с чуть сдвинутыми границами. Так же граница одной из по предположению программы лежит за началом контига, а у меня на первом нуклеотиде. Права, вероятно, программа, но я так написала, потому что все условия были выполнены и для указанного мной участка. Почему сдвинуты границы, я не понимаю. Подробные результаты в таблице 2.

**Таблица 1. Рамки, прошедшие фильтр.**
Начало	Конец	Длина в а.о.	Цепь
<1	222	?	-
219	701	483	-
765	1745	981	-
1773	2582	810	-

Pdf-файл с результатами работы программы. В этом файле приведен график кодирующего потенциала (вертикальная ось). По горизонтальной оси номера нуклеотидов. Жирной черной линией выделены те нуклеотиды, которые по мнению GeneMark составляют совой ген, что так же видно и по их высокому кодирующему потенциалу. Я предполагаю, что провалы в графиках близко к краям гена могут объяснить различие между рамками из первого способа и второго. Ниже я приведу фрагменты графика.

Рис 1. Участок графика с предположительно некодирующей последовательностью нуклеотидов.

Рис 2. Участок графика с предположительно кодирующими последовательностями нуклеотидов.

В моем случае при изменении эвристических параметров фактически ничего не изменилось. Только тот ген, у которого координата начала была "<1" стала просто "1". Выходные файлы: обычный, .pdf.