Предсказание генов у эукариот

Мне предлагалось выяснить экзон-интронную структуру гена и описать его альтернативный сплайсинг, используя программы GENSCAN и UCSC Genome Browser.

Результат поиска можно увидеть в таблице 1. Предсказан всего один ген, поэтому и таблица одна.

Проверим этот результат поиском в Genome Browser. Программа BLAT, которая позволяет искать последовательности в геноме с учетом возможной фрагментированности генома, нашла много фрагментов генома, один из который имеет счет 25501, а остальные меньше 200, поэтому для дальнейшей работы я выбрала первый.

Рис. 1. Результат, полученный в Genome Browser. Рамками показаны примеры альтернативных кассетных экзонов.

В следующем задании использовался фрагмент ДНК Actinidia chinensis. Его нужно было проаннотировать с помощью blastx. Нашлось 5 генов (таблицы 2-6).

Таблица 2. Ген белка AHP2. (встретился всего один раз, но с хорошим e-value)

Начало	Конец	Цепь	Тип
5838	6107	+	начальный
6278	6655	+	внутренний
6732	6830	+	конечный

Таблица 3. Ген миозина. (встречается мало, e-value не очень)

Начало	Конец	Цепь	Тип
20649	20831	-

Таблица 4. Ген серин/треонин-белка киназы. (представлен хорошо)

Начало	Конец	Цепь	Тип
26688	26993	-	начальный
26182	26385	-	внутренний
26501	26623	-	конечный

Таблица 5. Ген белка из семейства NRT1/ PTR (встречается очень мало, e-value хорошее)

Начало	Конец	Цепь	Тип
60016	60201	+	начальный
60428	60841	+	внутренний
60948	61208	+	внутренний
61306	61377	+	внутренний
61478	61552	+	внутренний
61654	61752	+	внутренний
66667	66870	+	конечный

Таблица 6. Ген белка из семейства NRT1/ PTR. (есть почти у всех, e-value хорошее)

Начало	Конец	Цепь	Тип
67684	68562	-	начальный
71497	72057	-	внутренний
73725	74096	-	внутренний
98203	99096	-	внутренний
101749	102309	-	конечный