|
|
Филогенетическое дерево
Первым делом нужно было выбрать из списка 7-8 бактерий. В таблице 1 представлены выбранные бактерии:
Таблица 1. Отобранные бактерии.
| Название |
Мнемоника |
Класс |
Порядок |
Семейство |
| Clostridium tetani |
CLOTE |
Clostridia |
Clostridiales |
Clostridiaceae |
| Enterococcus faecalis |
ENTFA |
Bacilli |
Lactobacillales |
Enterococcaceae |
| Lactobacillus acidophilus |
LACAC |
Bacilli |
Lactobacillales |
Lactobacillaceae |
| Lactococcus lactis |
LACLM |
Bacilli |
Lactobacillales |
Streptococcaceae |
| Listeria monocytogenes |
LISMO |
Bacilli |
Bacillales |
Listeriaceae |
| Staphylococcus epidermidis |
STAES |
Bacilli |
Bacillales |
Staphylococcaceae |
| Streptococcus pyogenes |
STRP1 |
Bacilli |
Lactobacillales |
Streptococcaceae |
Затем нужно было изобразить скобочную формулу:
(CLOTE, ((LACAC, (ENTFA, (LACLM, STRP1))),(LISMO, STAES)))
Рис 1. Филогенетическое дерево.
Список нетривиальных ветвей, показанных на рис. 1.
- {CLOTE, LISMO, STAES} против {LACAC, ENTFA, LACLM, STRP1}
- {CLOTE, LACAC, ENTFA, LACLM, STRP1} против {LISMO, STAES}
- {CLOTE, LISMO, STAES, LACAC} против {ENTFA, LACLM, STRP1}
- {CLOTE, LISMO, STAES, LACAC, ENTFA} против {LACLM, STRP1}
Реконструкция филогении
Необходимо, пользуясь таксономическим сервисом NCBI, определить, к каким таксонам относятся отобранные бактерии, и посмотреть, ни выделяют ли какие-нибудь нетривиальные ветви какие-нибудь таксоны. Для таксонов дополним таблицу 1.
Про нетривиальные ветви: 1 -- никого не отделяет, 2 -- выделяет порядок Bacillales, 3 -- никого не отделяет, 4 -- выделяет семейство Streptococcaceae.
|