Построение поверхности

Для выполнения задания был выбран комплекс пуринового репрессора с ДНК (PDB ID 1QP7). Нужно было показать поверхности (в качестве контакта я брала атомы на расстоянии не более 5Å) в PyMol для:
а) контакта между двумя симметричными мономерами белка (рис. 1),
б) контакта между белком и ДНК (рис. 2),
в) контакта между ДНК и белком (рис. 3).

Рис 1. Поверхность контакта двух симметричных мономеров белка пуринового репрессора.

Рис 2. Поверхность контакта между пуриновым репрессором и ДНК.

Рис 3. Поверхность контакта между ДНК и пуриновым репрессором.

Далее с помощью программы CluD я выделила гидрофобные кластеры, состоящие из минимум 10 атомов. Выделяла нужные атомы я с помощью текстового файла выдачи CluD и python.Все выделенные кластеры, кроме одного (рис. 4 слева), относились к молекуле ДНК, а один в домене, отвечающем за связывание с ДНК. На поверхности связывания белка с ДНК (рис. 4 справа) фиолетовым цветом показаны атомы, входящие в гидрофобный кластер. В поверхность вошло мало гидрофобных остатков и изменение расстояния с 5Å на 6Å не помогло.

Рис 4. Гидрофобный кластер (слева) и поверхность контакта белка с ДНК, фиолетовым цветом показаны участки гидрофобного кластера (справа).